Charakterizace proteinových acetylací

Bc. Hana Kuchaříková

Diplomová práce

Characterization of protein acetylations

Anotace:

Acetylace je významná posttranslační modifikace, která hraje roli nejen při regulaci genové exprese. Za aktuální acetylační stav proteinů jsou zodpovědné lyzin acetyltransferázy (KAT) a lyzin deacetylázy (KDAC). Nesprávná regulace acetylací souvisí s řadou onemocnění, například vyšší exprese KDAC spojená s hypoacetylací proteinů je typická pro rakovinné buňky. Silným nástrojem studia acetyloproteomu je hmotnostní spektrometrie (MS), která umožňuje jak identifikaci, tak kvantifikaci acetylovaných peptidů. Pro MS analýzu nízkoabundantních acetylovaných proteinů, respektive peptidů, je důležitá metoda obohacení těchto analytů. Tato práce je zaměřená na vývoj a optimalizaci afinitního obohacení acetylovaných peptidů s využitím protilátky. V průběhu optimalizace imunoprecipitačního protokolu se podařilo nejen navýšit celkový počet identifikovaných acetylovaných peptidů, ale i upravit dílčí kroky metodiky tak, aby byl celkový postup afinitního obohacení acetylovaných peptidů vzorku kompatibilní s následnou MS analýzou.

Abstract:

Acetylation is an important post-translational modification that plays role not just in the regulation of gene expression. Acetylation status of proteins is managed by lysine acetyltransferase (KAT) and lysine deacetylase (KDAC). The wrong regulation of acetylation corresponds to certain diseases, for example, the overexpression of KDAC leading to protein hypoacetylation represents a typical feature of carcinoma cells. The preferred method used for acetylproteome studies is mass spectrometry (MS) which enables identification as well as quantification of acetylated peptides. The enrichment of low abundant acetylated proteins or peptides is essential for their analysis by mass spectrometry. This thesis is focused on the development and optimisation of acetylated peptide immunoaffinity enrichment. The total number of identified acetylated peptides has been increased during optimization of immunoprecipitation protocols. In addition, certain steps in the protocol have been modified in order to establish procedure of acetylpeptide enrichment which is compatible with following MS.

Klíčová slova

Posttranslační modifikace, acetylace, lyzin acetyltransferázy, lyzin deacetylázy, imunoprecipitace, hmotnostní spektrometrie, Posttranslational modification, acetylation, lysineacetyl-transferase, lysinedeacetylase, immunoprecipitation, mass spectrometry

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 6. 2016
• Vedoucí: doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie