Detekce mikrobiální kontaminace molekulárně-biologickými metodami v kořeninové paprice

Zuzana Machálková

Bachelor's thesis

The detection of microbial contamination molecular-biological methods in spice paprika.

Abstract:

Kořeninová paprika patří mezi jedno z nejvyužívanějších koření v mnoha částech světa. Přítomnost nežádoucích patogenů může být závažným problémem pro konzumenty. Zvláště kontaminace mikroskopickými houbami, z nichž někteří zástupci produkují mykotoxiny, představuje pro člověka velkou hrozbu. Dnešní konvenční metody pro určování kontaminací mikroorganismy jsou náročné na čas a některé méně časté druhy patogenů může být obtížné určit. V rámci bakalářské práce byly aplikovány metody molekulární biologie pro detekci kontaminace ve vzorcích kořeninové papriky. Pro sekvenaci byly vybrány ITS oblasti, které vykazují vysokou variabilitu u jednotlivých druhů organismů a jsou vhodným nástrojem pro jejich taxonomii. Díky sekvenační analýze ITS oblastí, byly identifikovány sekvence o vysoké podobnosti s ITS oblastmi mnoha zástupců mikroskopických hub zejména ze třídy Ascomycotina a několika druhů kvasinek. V práci se jednalo o kvalitativní nikoli o kvantitativní detekci, která nevylučuje zdravotní nezávadnost vzorků, která je prokázaná protokoly o zdravotní nezávadnosti.

Abstract:

Dryed pepper is one of the most used spice in many parts of the world. The presence of undesirable pathogens can be a serious problem for consumers. Especially contamination by microscopic fungi, some of which produce mycotoxins representatives, poses a great threat to humans. Today's conventional method for determining contamination by microorganisms are time consuming and some less common types of pathogens can be difficult to determine. In the context of this thesis were applied molecular biology methods for detection of contamination in samples of pepper. There were selected ITS regions for sequencing, which show high variability between species and organisms are an appropriate tool for the taxonomy. The sequence analysis of the ITS regions were identified by sequence high similarity with the ITS regions of many microscopic fungi especially representatives of the class of Ascomycotina and several yeast species. The work was a qualitative rather than a quantitative detection, which does not exclude the wholesomeness of the samples, which is proven by health protocols.

Keywords

Capsicum, paprika, PCR, mikroskopické houby, sekvenování

Keywords

microscopic fungi, PCR, sequencing, pepper, Capsicum

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 4. 2015

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.
• Reader: Jan Bednář, externi

Mendel University in Brno

Faculty of Agronomy

Bachelor programme / field:
Agrobiology / Plant Biotechnology