Strukturní bioinformatika G-kvadruplex vazebných proteinů a jejich interakcí s nekanonickými formami nukleových kyselin

Bc. Jiří MARZOLL

Diplomová práce

Structural bioinformatics of G-quadruplex binding proteins and their interactions with noncanonical nucleic acids structures

Anotace:

G-kvadruplexy jsou nekanonickými strukturami nukleových kyselin. Tyto struktury jsou schopné vznikat v oblastech bohatých na guanin, za vzniku planární vazby, takzvané tetrády, přičemž spojení více takovýchto vazeb za sebou zapříčiní vznik takzvaného G-kvadruplexu. Na G-kvadruplexy, stejně jako na jiné strukturní motivy, se vážou proteiny, které tyto struktury mohou ovlivnit (podporovat jejich vznik, či naopak tyto struktury rozplétat). Interakce zkoumané v této práci se zaměřují na zjištění, ve kterých oblastech a s jakými aminokyselinami G-kvadruplexové struktury interagují, a ukazují, že zkoumané proteiny (p53, NEIL2, Rad51, MYF6, CNBP a Nucleophosmin) interagují v simulacích skrze DNA vazebné oblasti (H2TH, ZnF, bHLH). Cíle práce: Definice G-kvadruplexů, analýza souboru proteinů a jejich interakcí s G-kvadruplexy G-kva

Abstract:

G-quadruplexes are non-canonical structures of nucleic acids. These structures are able to arise in guanin rich areas, with formation of plain structure called tetrade, whereas connection of more of these tetrades cause formation of G-quadruplex. On G-quadruplexes, as well as on any other structure motives, are binded proteins, which can these structures affect (induce or inhibit them). Interactions discovered in this work are focused on areas, in which are interactions done, and aminoacids which are included into these interactions. These data shows, that examined proteins (p53, NEIL2, Rad51, MYF6, CNBP and Nucleophosmin) are interacting with DNA through their DNA binding domains (H2TH, ZnF, bHLH). Work goals: G-quadruplex definition, analysis of proteins set and their interactions with G-quadruplexes

Klíčová slova

G-kvadruplexy, proteiny, interakce, aminokyseliny, in-silico

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2023

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

OSTRAVSKÁ UNIVERZITA

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Experimentální biologie