Konformační vlastnosti nukleových kyselin

Vendula TICHAVSKÁ

Bakalářská práce

Conformational properties of nucleic acids

Anotace:

Cílem této práce bylo studium chování vybraných motivů nukleových kyselin, konrkétně motivu Loop E a RNA pseudouzlu. Struktury jsou popisovány pomocí molekulové dynamiky, která teoreticky popisuje chování biomolekul. U obou motivů jsme se zaměřili na celkovou stabilitu a dále zejména na / stavy a jejich korelaci s přítomnými hořečnatými kationty a nekanonickými vodíkovými vazbami. Simulace byly realizovány v nejnovějších modifikacích silových polí, srovnání chování v jednotlivých polích je další cíl této práce.

Abstract:

The aim of this study was to study behaviour of selected motifs of nucleic acids, specifically Loop E and an RNA pseudoknot. Structures were described by molecular dynamics, which in theory describes the behavior of biomolecules. For both motifs, we focused on the overall stability and in particular the / backbone states and thein correlation with present magnesium cations and noncanonical hydrogen bonds. Simulations were carried out in the most recent force fields modifications and compariso of the behavior of the individual fields is another goal of this work.

Klíčová slova

Nukleové kyseliny, RNA, Loop E, pseudouzel, molekulová dynamika

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 5. 2016

Zveřejnit od: 2. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Chemie / Aplikovaná chemie