Vliv struktury přirozeně se vyskytující sekvence DNA na interakci s proteinem p53.

Bc. Barbora CHVÁTALOVÁ

Master's thesis

The influence of naturally occuring sequence DNA on the interaction w?th p53 protein.

Anotácia:

Protein p53 hraje klíčovou roli jako terapeutický cíl při výskytech rakoviny. Jakožto nádorový supresor má za úkol chránit buňku před poškozením a kontrolovat její buněčný cyklus. Mutované formy proteinu se stále častěji objevují u pacientů s rakovinou. Velká pozornost se stáčí na vazbu proteinu k DNA a její strukturu, jelikož nejčastěji vazebná doména proteinu je mutovaná. Protein vyžaduje pro svou vazbu k DNA buď přítomnost specifické sekvence, nebo struktur, které zvyšují jeho afinitu vyšším nadšroubovicovým vinutím. Tato práce obsahuje poznatky z hledání přítomnosti struktur, které neobsahují vazebnou sekvenci, ale svou přítomností podněcují protein k vazbě na DNA. Při hledání struktur byly použity enzymatické i chemické strukturní sondy a restrikční endonukleázy pro jejich charakterizaci i lokalizaci.

Abstract:

Protein p53 plays a key role as a therapeutic target in cancer incidence. Its role as a tumor suppressor is cell protection and it also controls its cell cycle. Mutated forms of this protein are more and more present in patients with cancer. Huge attention is payed to binding protein to DNA and its structure, because the most common is mutated protein domain. Protein needs for its DNA bond either presence of specific sequences or structures which increase its affinity to higher superhelix. This study includes findings of structures that don?t contain binding sequence but due to their presence they stimulate protein for binding to DNA. During searching for such structures were used enzymatic and also chemical structural probes and restriction endonucleases were used for their characterization and localization.

Kľúčové slová

Protein p53, lokální otevřené struktury, chemické sondy, enzymatické sondy, restrikční endnukleázy, vazba proteinu p53-DNA.

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 4. 2014

Zverejniť od: 23. 4. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 5. 2014
• Vedúci: RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Experimental Biology