Studium struktury fragmentů DNA bohatých na guanin a adenin pomocí NMR spektroskopie

Bc. Kristína Zdražilová

Master's thesis

Structural studies of guanine and adenine rich DNA fragments using NMR spectroscopy

Anotácia:

V rámci této práce byly zkoumány řetězce DNA bohaté na puriny, konkrétně (GA)10 a C3(GA)5, které byly vybrány na základě CD spektroskopie. Cílem bylo pomocí NMR metod navrhnout model párování bází a posoudit, zda se jedná o paralelní či antiparalelní orientaci řetězců. Všechna spektra vykazovala přítomnost rovnováhy různých strukturních forem, proto jsme se pokusili stabilizovat strukturu pomocí vytvoření i-motivu prostřednictvím cytosinů. Na základě píků v NOESY spektrech byly identifikovány některé způsoby párování.

Abstract:

In this work, DNA strands rich in purines were investigated, specifically (GA)10 and C3(GA)5, which were chosen on the basis of CD spectroscopy. Aim of this work was to propose a model of base pairing and to decide whether the orientation of strands is parallel or antiparallel with the use of NMR methods. All spectra show the presence of equilibrium of different structural forms, therefore, we have attempted to stabilise the structure with the aid of i-motif formation via cytosines. Some types of base pairing were identified on the basis of peaks in NOESY spectra.

Kľúčové slová

DNA, oligonukleotidy, sekvence bohaté na purin, NMR DNA, oligonukleotides, sequences rich in purine, NMR

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2011
• Vedúci: doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry