Kvantitativní popis interakce telomerových proteinů a transkripčních faktorů

Bc. Eliška Kůřilová

Master's thesis

Quantitative description of interactions of telomere proteins and transcription factors

Abstract:

Virus Epstein-Barrové (EBV) je původcem infekční mononukleózy, avšak jako onkogen způsobuje až 1,5 % nádorových onemocnění ročně. V infikovaných buňkách se EBV nachází ve dvou fázích svého cyklu – lytické a latentní. Přechod viru mezi latentní a lytickou fází je spojován s transkripčním faktorem Rta (replication and transcription activator). Rta se na počátku lytického cyklu viru váže na krátkou konzervovanou sekvenci DNA – RRE (Rta response element), čímž dochází k aktivaci transkripce lytických genů EBV a ke spuštění replikace virové DNA. Cílem práce je buněčná studie transkripčního faktoru Rta s využitím metody fluorescenční mikroskopie pro objasnění lokalizace Rta v hostitelských buňkách a charakterizace vazby rekombinantně připraveného Rta na RRE pomocí gelové retardační analýzy. Výsledky práce ukazují lokalizaci Rta do jader hostitelských buněk s výjimkou buněčných jadérek. Bylo zjištěno, že Rta je schopen vázat RRE s afinitou 210 ± 30 nM. Dosažené výsledky významně přispívají k charakterizaci Rta, jakožto esenciálního transkripčního faktoru EBV a napomáhají k detailnějšímu porozumění mechanismů funkce, které mohou být využity pro vývoj nových postupů léčby infekce EBV.

Abstract:

Epstein-Barr virus (EBV) is the cause of infectious mononucleosis, but as an oncogene it causes up to 1.5% of cancers per year. In infected cells, EBV can persist in two phases - lytic and latent. The transition of the virus between the latent and lytic phases is associated with the transcription factor Rta (replication and transcription activator). At the early stage of the viral lytic cycle, Rta binds to a short conserved DNA sequence, RRE (Rta response element), which activates the transcription of EBV lytic genes and initiates viral DNA replication. This thesis focuses on the cellular study of the transcription factor Rta using fluorescence microscopy to elucidate the localization of Rta in host cells and characterize the binding affinity of recombinantly prepared Rta to RRE by electromobility shift assay. The results show the localization of Rta into the nuclei of host cells, avoiding localization in nucleoli. Prepared Rta was able to bind RRE with 210 ± 30 nM affinity. The achieved results significantly contribute to the characterization of Rta as an essential transcription factor of EBV and broaden our understanding of the mechanisms of function that can be used in developing novel treatments of EBV infection.

Keywords

Virus Epstein-Barrové, Rta, RRE, fluorescenční mikroskopie, gelová retardační analýza, Epstein-Barr virus, fluorescence microscopy, electromobility shift assay

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 20. 6. 2022
• Supervisor: doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D.
• Reader: Mgr. Barbora Štefanovie, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Genomics and Proteomics