Integrace genetické a fyzické mapy chromozómu 3DS pšenice

Mgr. Kateřina CVIKOVÁ

Master's thesis

Integration of wheat chromosome 3DS genetic and physical map

Abstract:

Pšenice setá (Triticum aestivum L.) patří mezi nejdůležitější plodiny. Přečtením genomu pšenice mohou být získány cenné informace vedoucí k jejímu vylepšení. To je nezbytné vzhledem ke zvyšující se poptávce po výnosných a odolných liniích. Samotnému sekvenování předchází vytvoření genetických a fyzických map, jenž jsou potřebné pro získání orientačních bodů pro správné uspořádání sekvencí. Teoretická část této práce podává přehled o možnostech tvorby fyzických map a technikách, které se využívají u rostlinných genomů. Zaměřuje se na ty nejpoužívanější, mezi než patří HAPPY mapování, mapy radiačních hybridů a zejména fyzické kontigové mapy. Dále popisuje integraci fyzických a genetických map a typy vhodných markerů. U přímého ukotvování je důraz kladen na N-dimenzionální poolovací strategií, která je součástí praktické části. Zmíněno je i reverzní a hybridní ukotvování. Praktická část se zabývá ukotvováním již známých genetických mikrosatelitových markerů a markerů odvozených z genů rýže na MTP minimum tiling path) fyzické kontigové mapy chromosomu 3DS pšenice. K tomu byla využita třídimenzionální poolovací strategie s technikou PCR skríningu na agarosovém gelu. Tímto přístupem bylo ukotveno 111 kontigů o celkové délce 31,3 Mb, což odpovídá 10,1 % MTP chromosomu 3DS pšenice.

Abstract:

Bread wheat (Triticum aestivum L.) is one of the world´s most imortant crop. Sequencing of the genome can gain valuable information leading to its improvement. This is necessary due to increasing demand for yield and resistant lines. Sequencing itself was preceded the creation of genetic and physical maps, which are necessary to obtain landmarks for the correct ordering of sequences. The theoretical part is an overview of techniques for creation physical maps, which are used in plant genomes. It focuses on the most commonly used methods like HAPPY mapping, radiation hybrid maps and especially physical contig maps. It describes also integration of physical and genetic maps and types of suitable markers. The emphasis is placed on N-dimensional pooling strategy, which is a part of the practical section. Reverse and hybrid anchoring is also mentioned. The practical part deals with anchoring of known genetic microsatellite markers and markers derived from genes of rice on MTP (minimum tiling path)physical contigs map of wheat chromosome 3DS. PCR screening of three-dimensional pools on agarose gel was used for anchoring. 111 contigs with cummulative length of 31,3 Mb were anchored. This number corresponds to 10,1 % MTP of wheat chromosome 3DS.

Keywords

integrace fyzické a genetické mapy, N-dimenzionální poolovací strategie, markery, pšenice

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2011

Accessible from:: 12. 5. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 7. 6. 2011
• Supervisor: Mgr. Jan Bartoš, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology