Detekce vybraných zástupců rodu Mycobacterium v biologickém materiálu

Bc. Renáta Procházková

Master's thesis

Detection of selected Mycobacterial species in biological material

Abstract:

Netuberkulózní mykobakterie se vyskytují hojně v životním prostředí a člověk je jimi neustále exponován. Většina netuberkulózních mykobakterií jsou saprofyté, některé jsou však schopny způsobit onemocnění člověka a zvířat. Onemocnění způsobené těmito mykobakteriemi se nazývají mykobakteriózy. Významným zdrojem těchto mykobakterií je také voda. Diplomová práce se zabývá zavedením metody izolace mykobakterií z vody pitné a říční. Pro izolaci mykobakterií z pitné vody byla testována metoda s použitím mikrobiologického filtru, která dosahovala účinnosti 33%. Pro říční vodu byla testována metoda s využitím kolony se skelnou vatou. U této metody bylo bohužel dosaženo nižší výtěžnosti, pro její využití v praxi je potřeba provést další optimalizace. Dále je zavedena metoda pro tvorbu a detekci biofilmu. Jako nevhodnější mikrotitrační destičky byly vybrány mikrotitrační destičky pro kultivaci tkáňových kultur. Z porovnávaných tekutých kultivačních médii bylo zvoleno médium Middlebrook M7H9. V práci bylo rozhodnuto, že krystalová violeť je pro vizualizaci biofilmu vhodnější než safranin. Pro průkaz tvorby biofilmu u pomalu rostoucích kmenů MAP byla zvolena čtyřtýdenní doba kultivace. Dalším z cílu bylo zavedení vhodné metody pro detekci rodu Mycobacterium. Real-time PCR s detekčním systémem SYBR Green se ukázala jako vhodná metoda pro stanovení koncentrace mykobakterií ve vzorku.

Abstract:

Nontuberculous mycobacteria are widely distributed in the enviroment and humans are constantly exposed to them. Most of nontuberculous mycobacteria are saprophytes, some species are capable of infecting humans and animals. A disease caused by mycobacteria are called mycobacteriosis. An important source of these mycobacteria is also water. This thesis deals with implementation of methods which are used for isolation of the Mycobacteria from drinkable water and from rivers. Isolation of mycobacterium from drinking water has been tested whith a method which use microbiological filtr. This method achieved 33% efficiency. The river water was tested with a method using glass wool columns. This method achieved a lower efficiency. This thesis introduce a method of detection a biofilm formation. There were selected a tissues culture plate as the most appropriate microtiter plate. The Middlebrook M7H9 has been selected as the appropiate liquid culture media. We concluded that crystal violet is better than safranin for visualization. The best results for cultivation slowing-growing mycobacterium MAP has been obtained by using incubation for four weeks. Another aim was the introduction an appropriate method for genus of Myocbacterium detecting. Real-time PCR with SYBR Green detection system proved to be appropriate method for determining the concentration of mycobacteria in the sample.

Keywords

Mycobacterium, izolace mykobakterií z vody, detekce biofilmu, real-time PCR

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 14. 6. 2011
• Supervisor: Mgr. Iva Slaná, PhD.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / General Biology