HPLC značených oligonukleotidů

Bc. Petra Kristová

Diplomová práce

HPLC of oligonucleotides containing markers

Anotace:

Cílem této práce byla separace aminopurinů (adenin, 2-aminopurin a 2,6-diaminopurin), aromatických aminopurinů (6-benzylaminopurin, chloro a methoxy deriváty benzylaminopurinu) a krátkých oligonukleotidů obsahující cytosin (dcmp, dC3, dC6 a dC9) metodou vysokoúčinné kapalinové chromatografie s reverzní fází (RP-HPLC). U aminopurinů a aromatických aminopurinů byly stanoveny jejich termodynamické parametry pKa z retenčních charakteristik. Bylo zjištěno, že aminopuriny mají vyšší hodnoty pKa než aromatické aminopuriny. Při separaci oligonukleotidů byl zjišťován vliv struktury na retenční charakteristiky. Bylo zjištěno, že tyto oligonukleotidy vytváří v kyselém prostředí tzv. i-motiv, který obsahuje hemiprotonové páry cytosin.cytosin+ a způsobují delší zádrž na koloně. Zvýšením teploty dochází u dC6 a dC9 k rozbití vodíkových vazeb.

Abstract:

The aim of the thesis was separation of aminopurines (adenine, 2-aminopurine and 2,6-diaminopurine), aromatic aminopurines (6-benzylaminopurine, chloro and methoxy derivatives of benzylaminopurines) and short oligonucleotides containing cytosine (dmp, dC3, dC6 and dC9) by Reverse Phase High Performance Liquid Chromatography (RP-HPLC) method. Thermodynamic parameters pKa have been determined from retention characteristics of aminopurines and aromatic aminopurines. Aminopurines have higher pKa values than benzylaminopurines. The influence of structure on retention characteristics was investigated at the oligonucleotides separation. These oligonucleotides create i-motive in acid medium, which contains hemiproton pairs cytosine-cytosine+, and implicates longer trap on column. The hydrogen bonds breaking at dC6 and dC9 structure occur by the increasing temperature.

Klíčová slova

aminopurin, benzylaminopurin, oligonukleotid, RP-HPLC, aminopurine, benzylaminopurine, oligonucleotide

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 6. 2010
• Vedoucí: RNDr. Marta Farková, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Chemie / Analytická chemie