Analýza exprese genů v endospermu ječmene setého technikou RNA in-situ hybridizace

Marie ČERVENKOVÁ

Bachelor's thesis

Analysis of gene expression in barley endosperm by RNA in-situ hybridization

Abstract:

Endosperm představuje největší část semen a je jejich významnou částí, a to nejen z pohledu vývoje rostliny, ale také z hospodářského hlediska. Obsahuje několik částí, z nichž každá plní specifickou funkci. Diferenciace těchto částí je spojena s expresí rozdílných genů se specifickou expresí v určitých obdobích vývoje. Technika RNA in-situ hybridizace umožňuje ověřit expresi specifických genů v průběhu vývoje a určit konkrétní oblast endospermu, ve které jsou exprimovány. Teoretická část této práce se věnuje popisu částí semene ječmene setého, včetně jednotlivých částí endospermu. Dále je popsán průběh vývoje endospermu a jeho jednotlivá období. Další kapitoly obsahují informace o technice RNA in-situ hybridizace a o jednotlivých sledovaných genech. Experimentální část sestávala z fixace a přípravy vzorků, navržení a syntézy RNA sond a samotnou hybridizací. Byla provedena optimalizace několika kroků v celém tomto procesu. Přesto však nebylo dosaženo detekce signálu s použitím sond pro sledované geny a jejich exprese tedy nemohla být analyzována.

Abstract:

Endosperm represents the largest part of the seeds and is their important part, not only for plant development, but also from an economic point of view. It contains several parts, each of which performs a specific function. The differentiation of these parts is associated with the expression of different genes with specific expression in certain periods of development. The technique of RNA in-situ hybridization makes it possible to determine the expression of specific genes during development and to establish the specific region of the endosperm in which they are expressed. The theoretical part of this work is devoted to the description of the parts of the Barley seed, including the individual parts of the endosperm. The course of endosperm development and its individual periods are also described. Other chapters contain information on the technique of RNA in-situ hybridization and on individual monitored genes. The experimental part consisted of fixation and preparation of samples, design and synthesis of RNA probes and hybridization itself. Several steps in this entire process have been optimized. Nevertheless, signal was not detected using the probes for the genes of interest and their expression could not be analyzed.

Keywords

Hordeum vulgare, vývoj endospermu, in-situ hybridizace, RNA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2023

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Martin Kovačik

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology