Analýza genetické variability konopí pomocí DNA markerů

Bc. Barbora Balgová

Diplomová práce

The analysis of cannabis genetic variability using DNA markers

Anotace:

Tato práce se zabývá analýzou genetické variability konopí a sekvenováním kandidátních sekvencí genomu vybraných odrůd konopí. Celkem bylo analyzováno 28 odrůd technického konopí pomocí 23 mikrosatelitních markerů. Bylo nalezeno 107 alel, jejichž velikost byla v rozmezí mezi 100 až 360 bp. Byl detekován jeden uniformní marker (CAN1660). Byly vypočteny hodnoty index diverzity (DI), polymorfní informační obsah (PIC) a index pravděpodobnosti (PI). Byl sestaven dendrogram podobnosti na základě statistického vyhodnocení. Pro studium sekvencí byly použity specifické primery pro částečnou sekvenci genu CBDA syntázy a kompletní sekvenci kódující oblast genu THCA syntázy. Získané sekvence byly porovnány pomocí programu BLAST. Většina sekvencí měla 100% shodu se sekvencemi v dostupných databázích. U sekvencí CBDA syntázy jednotlivých odrůd konopí byly nalezeny jednonukleotidové polymorfismy. Byla detekována jedna sekvence, která nenáležela rodu Cannabis. Všechny získané sekvence budou následně vloženy do databáze NCBI a bude k nim přidělen kód.

Abstract:

This thesis is focused on analysis of genetic variability of Cannabis sativa L. and sequencing of the candidate genome sequences in selected varieties of Cannabis. In total there were 28 genotypes of hemp were analyzed with 23 microsatellite markers.107 alleles were found whose size ranged from 100 to 360 bp. Uniform marker was detected (CAN1660). The diversity index (DI), the polymorphic information content (PIC) and the probability of identity (PI) were calculated for every microsatellite marker. Similarity dendrogram was constructed on base of statistical evaluation.The specific primer for the patrial sequences of cannabidiolic acid synthase (CBDA) gene and the specific complete for the sequences of tethrahydrocannabinolic acid synthase (THCA) gene were used for the sequences study. Gained sequences were compared by BLAST. Most sequences had 100% match with sequences in the available databases. Single nucleotide polymorphisms were found in the sequences of CBDA synthase. One sequences that did not belong to the genus Cannabis was detected. All obtained sequences will be inserted into the NCBI database and access number will be assigned.

Klíčová slova

Cannabis sativa L., SSR markery, genetická variabilita, sekvenování

Keywords

SSR markers, Cannabis sativa L., genetic variability, sequencing

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.
• Oponent: Pavel Matušinsky, externi

Mendelova univerzita v Brně

Agronomická fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fytotechnika / Biotechnologie rostlin