Dynamická vizualizácia sekundárnych štruktúr v molekulách proteínov

Mgr. Tibor Szabó

Bachelor's thesis

Dynamic visualization of protein secondary structures

Abstract:

Computer analysis of protein structures is becoming an inseparable part of the work of experts in the area of biochemistry and structural biology. It enables simple and vivid exploration of large molecules using a common computer. Last breakthrough in the area of protein analysis is molecule dynamics. This means exploring the behavior of the protein in the time domain. The aim of this work is to implement a protein secondary structure visualization technique with focus on the usage in a dynamic enviroment of protein molecules.

Abstract:

Počítačová analýza štruktúr bielkovín sa stáva neoddeliteľnou súčasťou práce odborníkov v oblasti biochémie a štrukturálnej biológie. Umožňuje jednoduché a názorné preskúmanie rozsiahlych molekúl len za použitia bežného počítača. Posledným prelomovým vývojom v oblasti analýzy bielkovín je dynamika. Pod týmto pojmom sa rozumie skúmanie správania danej bielkoviny v čase. Cieľom mojej práce je implementovať techniku vizualizácie sekundárnych štruktúr so zameraním na nasadenie v dynamickom prostredí molekúl proteínov.

Keywords

štruktúra proteínov, sekundárne štruktúry, vizualizácia molekúl, dynamika, Caver Viewer, OpenGL

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 23. 6. 2010
• Supervisor: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
• Reader: Mgr. Vilém Šustr

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Applied Informatics / Applied Informatics