Možnosti studia sekvence oligonukleotidů pomocí elektrochemických a separačních metod (voltametrie, HPLC)

Bc. Samuel Mach

Master's thesis

Possibilities of study of nucleotides sequences by electrochemical and separation methods (voltametry, HPLC)

Anotácia:

Hlavní ideou práce je využít 1. rozdílného retenčního chování a 2. rozdílného tvaru LSV a EVLS křivek vybraných isomerů oligonukleotidů ke stanovení jejich sekvence za asistence umělé neuronové sítě. ad 1: Byl optimalizován chromatografický systém. Byly naměřeny retenční časy 20 oligonukleotidů a byl sledován vztah mezi jejich sekvencí a retenčním pořadím. Naměřená data byla také použita ke konstrukci ANN modelu pro predikci retenčních časů podobných oligonukleotidů. ad 2: LSV a EVLS křivky byly naměřeny na stejném souboru vzorků jako v první části práce. Byly srovnány různé kombinace vstupů a výstupů při konstrukci ANN modelu, který měl za úkol určovat, kterému oligonukleotidu náleží která křivka. Nejlepší model dokázal z 15 testovacích křivek určit správně 13.

Abstract:

The main idea of this work is to utilize 1. differences in retention behavior and 2. differences in the shape of LSV and EVLS curves of selected oligonucleotide isomers for the ANN aided determination of their sequence. ad 1: A chromatographic system was optimized. Retention times of 20 oligonucleotides were meassured and the relationship between their sequence and and retention order was studied. Obtained data were also utiliyed for ANN model construction for retention time prediction of similar oligonucleotides. ad 2: LSV and EVLS curves were meassured with the same set of samples as in the first part of this work. An ANN model with the aim to assign curves to sequences was constructed. Various combinations of inputs and outputs were compared. The best model achieved to determine correctly 13 out of 15 test curves.

Kľúčové slová

retenční chování oligonukleotidů, LSV a EVLS křivky oligonukleotidů, umělé neuronové sítě

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 5. 2008
• Vedúci: doc. RNDr. Jiří Pazourek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Chemistry / Analytical Chemistry