Zpět na vyhledávání

Bc. Hynek Pavlacký

Bachelor's thesis

Segmentation of Cell Nuclei in Fluorescence Microscopy Image Data of Organoids

Segmentation of Cell Nuclei in Fluorescence Microscopy Image Data of Organoids
Abstract:
Cílem této práce je navrhnout, implementovat a vyhodnotit automatickou metodu segmentace instancí buněčných jader ve velkých trojrozměrných obrazových datech z fluorescenčního mikroskopu. Navržená segmentační metoda používá plně konvoluční neuronovou síť k predikci binární masky buněčných jader. Jednotlivé instance buněčných jader jsou poté segmentovány pomocí algoritmu Watershed. Práce obsahuje popis …more
Abstract:
The aim of this thesis is to propose, implement, and evaluate an automatic method for the segmentation of cell nucleus instances in large three-dimensional fluorescence microscopy image data. The proposed segmentation method uses a fully convolutional neural network to predict a binary mask of cell nuclei. Individual cell nucleus instances are then segmented using the Watershed algorithm. The thesis …more
 

Keywords

volumetrická segmentace segmentace buněčných jader hluboké učení fluorescenční mikroskopie volumetric segmentation cell nuclei segmentation deep learning fluorescence microscopy
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 12. 2023
Identifier: https://is.muni.cz/th/d3fej/

Thesis defence

  • Date of defence: 16. 2. 2024
  • Supervisor: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
  • Reader: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution