Homologní modelování a virtuální screening potenciálních inhibitorů intelektinu

Bc. Veronika Horská

Diplomová práce

Homology modeling and virtual screening of potential inhibitors for intelectin

Anotace:

Tato diplomová práce se věnuje homolognímu modelování, in silico testování a návrhu inhibitorů lidského intelektinu-1, jež hraje významnou roli v akutním astmatu Th2 typu. Intelektin-1 se dle nedávných studií jeví jako velice slibný terapeutický cíl, jelikož se s velkou pravděpodobností podílí na expresi cytokinů MCP-1 a MCP-3, které vedou k astmatickému záchvatu. Zároveň má schopnost zesíťování mucinů v plicích pacienta a tak zhoršovat průchodnost vzduchu v dýchacích cestách. Práce obsahuje popis struktur navržených homologním modelováním, jakož i jejich otestování pomocí metod molekulové dynamiky; analýzy nadokovaných substrátů, ověření jejich stability ve vazebném místě a výsledky virtuálního screeningu potenciálních inhibitorů.

Abstract:

This diploma thesis is focused on homology modeling, in silico testing and design of inhibitors of the human intelectin-1, which plays a significant role in Th2 type acute asthma. According to recent studies intelectin-1 seems like a very promising therapeutic target, since it is most likely involved in cytokine expression of MCP-1 and MCP-3 which lead to an asthmatick attack. It has also the ability to crosslink the mucins in a patient's lungs and thus impair the passage of air in the airways. The diploma work contains a description of proposed homology model structures, their testing using molecular dynamics, analysis of docked substrates, verifying their stability in the binding site and the results of virtual screening of the potential inhibitors.

Klíčová slova

intelektin, homologní modelování, molekulové dokování, molekulová dynamika, virtuální screening, ICM, AMBER, lektiny, intelectin, homology modeling, molecular docking, molecular dynamics, virtual screening, lectins

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 25. 6. 2015
• Vedoucí: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biomolekulární chemie