Identifikace nových interakcí v proteomu Arabidopsis thaliana

Mgr. Zuzana Hanzelková

Bachelor's thesis

Identification of new interactions in the proteome of Arabidopsis thaliana

Anotácia:

Přenos cytokininového signálu je zprostředkován tzv. dvoukomponentním systémem, který byl původně objeven u prokaryotických organismů. Na přenosu signálu do jádra se podílí několik typů proteinů, které spolu vzájemně interagují. Nejnovější studie naznačují, že tyto proteiny mohou interagovat i mimo tuto signální dráhu. První část bakalářské práce shrnuje dosud získané poznatky o identifikovaných protein – proteinových interakcích v rámci cytokininové signální dráhy i mimo ni u A. thaliana. V druhé části jsou popsány vybrané metody, které se pro detekci protein-proteinových interakcí používají, s hlavním důrazem na metodu tandemové afinitní purifikace. Tato metoda je, v kombinaci s hmotnostní spektrometrií, velmi citlivá a umožňuje identifikaci nových protein – proteinových interakcí přímo v rostlinném materiálu A. thaliana.

Abstract:

The cytokinin signal transduction is mainly mediated via "two-component system", that was originally found in prokaryotes. The signal of cytokinin is transmitted into the nucleus through various types of proteins that interact with each other. The recent studies suggest that some of these proteins may interact outside of this signaling pathway. First part of the bachelor thesis summarizes the piece of knowledge about identified protein-protein interactions in but also out of this cytokinin signaling pathway in A. thaliana. The second part of the thesis describes selected methods that are usually used for protein-protein interactions' detection. It is mainly focused on the method of tandem affinity purification that is very sensitive in combination with mass spectrometry and enables identification of new protein-protein interactions directly in plant material of A. thaliana.

Kľúčové slová

Arabidopsis thaliana, dvoukomponentní systémy, cytokininy, cytokininová signální dráha, protein-proteinové interakce, tandemová afinitní purifikace, two component system, cytokinins, cytokinin signaling pathway, protein-protein interaction, tandem affinity purification

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2010
• Vedúci: Mgr. Radka Dopitová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biology / Molecular Biology and Genetics