Počítačové simulace strukturní dynamiky guaninových kvadruplexů – Bc. Barbora Knappeová
Bc. Barbora Knappeová
Bachelor's thesis
Počítačové simulace strukturní dynamiky guaninových kvadruplexů
Molecular simulations of structural dynamics of guanine quadruplexes
Abstract:
Tato bakalářská práce se zabývá vlastnostmi a vyhodnocováním dynamiky paralelních guaninových kvadruplexů v all-anti konformaci s posunutým sloupcem guaninů. Provedli jsme molekulově dynamické simulace kvadruplexů se sníženým počtem guaninových tetrád v explicitním solventu a přítomnosti iontů, které měly stabilizovat strukturu, případně vyvolat sbalení těchto struktur. Zkoumali jsme i interakce DNA …moreAbstract:
This bachelor's thesis deals with the properties and dynamics evaluation of guanine quadruplexes in the all-anti conformation with a shifted guanine column. We performed molecular dynamic simulations of quadruplexes with reduced number of guanine quartets in an explicit solvent and the presence of ions, which were supposed to stabilize the structure or induce refolding. Interactions of DNA with ions …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 31. 5. 2023
Identifier:
https://is.muni.cz/th/yg4d3/
Thesis defence
- Date of defence: 29. 6. 2023
- Supervisor: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
- Reader: RNDr. Miroslav Krepl, Ph.D.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceBachelor programme / field:
Chemistry / Chemistry
Theses on a related topic
-
Dynamics of free and solvated molecules
Kateryna Grygoryeva -
Studium molekulových interakcí v L1 ribosomálním stalku
Miroslav Krepl -
Interakce proteinu p53 s guaninovými kvadruplexy a jinými sekundárními strukturami DNA
Marek Petr -
Elektrochemické metody pro detekci interakcí DNA s proteiny a pro sledování enzymatických přeměn DNA
Monika Hermanová -
Příprava superparamagnetických částic a studium jejich vlastností na separaci molekul DNA
Aram Zolal