Funkční analýzy vybraných mikroRNA na modelu renálního karcinomu

Bc. Kateřina Kantorová

Bakalářská práce

Functional analysis of selected microRNAs on the renal carcinoma model

Anotace:

Předmětem předkládané bakalářské práce byla funkční charakterizace miR-26a na modelu renálního karcinomu. Renální karcinom (RCC) je třetí nejčastější příčinou úmrtí na urologické malignity a představuje cca 3 % všech solidních nádorů v dospělém věku. Ačkoli incidence tohoto nádorového onemocnění v posledních letech stagnuje a mortalita od roku 2002 do-konce mírně klesá, i přesto zaujímá Česká republika celosvětově první místo s 29,5 novými případy na 100 000 obyvatel ročně. Vzhledem k této skutečnosti je velmi důležité odhalit a detailně popsat molekulární a genetické mechanismy hrající roli v iniciaci a vývoji RCC. Z tohoto pohledu jsou velmi vhodnými kandidáty mikroRNA (miRNA). MiRNA jsou krátké nekódující RNA tvořící mladou a velice progresivní oblast molekulárně-biologického výzku-mu. MiRNA mají schopnost post-transkripčně regulovat genovou expresi a podle odhadu bio-informatiků jsou schopny regulovat více než polovinu lidských genů. Dnes již víme, že některé z těchto genů jsou také významné onkogeny či nádorové supresory. MiR-26a byla u renálního karcinomu opakovaně popsána jako nádorově supresorová. V rámci řešení této bakalářské práce jsem na buněčných liniích renálního karcinomu ACHN (metastatický renální ade-nokarcinom) a CAKI-2 (epiteliální renální karcinom) po transfekci příslušnou pre-miRNA sledovala buněčnou viabilitu (MTT test), detekovala jsem apoptózu (flow-cytometricky po-mocí Annexin V-FITC kitu), sledovala jsem případné změny v buněčném cyklu (flow-cytometricky) a migrační potenciál ovlivněných buněk („scratch-wound“ migrační assay). V případě tranzientní transfekce miR-26a pomocí pre-miR-26a jsem u buněčné linie ACHN zaznamenala pokles migračního potenciálu takto ovlivněných buněk o 9 %. U ostatních sledovaných parametrů nebyly zaznamenány žádné signifikantní změny.

Abstract:

This bachelor thesis is focused on functional characterization of miR-26a on the renal carcinoma model. Renal cell carcinoma (RCC) is the third leading cause of death on urological malignancies accounting for about 3 % of adult malignancies. Although since 2002 there is an observable decrease in mortality a stagnation in incidence, Czech Republic possess the first place in incidence worldwide. It is worth revealing the underlying molecular and genetic mechanisms for RCC initiation and development. One of the most modern and progressive approaches for molecular characterization of tumors is based on miRNA expression profiles analysis. MiRNAs are a class of naturally occurring, short non-coding, single stranded RNAs, that regulate gene expression at the post-transcriptional level. Bioinformatic studies have estimated that miRNAs may regulate up to a half of all human genes, besides them are both oncogenes and tumor suppressors. In this thesis I analyzed the effects of pre-miR-26a transient transfection on the cell viability (MTT-test), apoptosis rate (Annexin assay), cell cycle (flow-cytometry) and migration potential (scratch wound migration assay) in ACHN (metastatic renal cell adenocarcinoma) and CAKI-2 (epithelial renal carcinoma) cells. Following transfection with pre-miR-26a, I observed decrease in migration potential (9 %) of ACHN cells. Other phenotypic parametres were unaffected by transfection.

Klíčová slova

Renální karcinom, MikroRNA, Viabilita, Apoptóza, Migrace, Renal cell carcinoma, MicroRNA, Viability, Apoptosis, Migration

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 2. 2014
• Vedoucí: doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná biochemie / Aplikovaná biochemie