Klinický význam mutací genu TP53 u pacientů s chronickou lymfocytární leukemií

Bc. Tereza Borošová

Master's thesis

Clinical impact of TP53 gene mutations in patients with chronic lymphocytic leukemia

Abstract:

Chronická lymfocytární leukemie (CLL) je monoklonální lymfoproliferativní onemocnění vyznačující se abnormálním počtem zralých, ale nefunkčních B-lymfocytů. Pacienti, kteří mají mutace v genu TP53, mají nejagresivnější průběh tohoto onemocnění. Se zavedením sekvenování nové generace (NGS) se snížil limit detekce pod 10 % alel, a tudíž bylo možné identifikovat i minoritní mutace genu TP53. Cílem této práce je určení vlivu minoritních mutací v genu TP53 na průběh onemocnění CLL na základě dat z mezinárodní multicentrické studie. K vyhodnocování tohoto vztahu byly využity metody analýzy přežití. Vztah mutací v genu TP53 k době od první do druhé terapie a k celkovému přežití byl nejprve hodnocen na základě Kaplan-Meierových odhadů a pak pomocí Coxovy regrese proporcionálních rizik, přičemž kvůli charakteru dat byl využit i smíšený Coxův regresní model. Všechny tyto modely byly hodnoceny na úrovni celého souboru a na úrovni dvou strat. Dále byl také pomocí Fisherova exaktního testu zjišťován vztah mezi mutacemi v genu TP53 a dalších klinických markerů. Výsledky Kaplan-Meierových odhadů ukázaly nejednoznačné chování minoritních mutací, kdy se výsledky pacientů s minoritní mutací pohybovaly někde mezi výsledky pacientů s majoritní mutací v genu TP53 a pacientů bez mutace. Coxova regrese ukázala možný vliv minoritních mutací na dobu do druhé terapie, ale tyto výsledky nebyly napříč různými testovanými skupinami konzistentní. V případě celkového přežití se v rámci Coxovy regrese vliv minoritních mutací v genu TP53 vůbec neprokázal. Analýza pomocí Fisherova exaktního testu pak prokázala vztah některých klinických markerů na přítomnost mutace v genu TP53, příkladem markeru s prokázaným vztahem k mutacím v genu TP53 je hierarchická kategorie FISH del(17p). Celkově pak lze konstatovat, že tato práce neprokázala vliv minoritních mutací v genu TP53 na celkové přežití a vliv minoritních mutací na odpověď na léčbu zůstává na základě této práce stále nejasný. Hlavní limitace této práce spočívá především v nízkém zastoupení některých center, které znemožňovalo použít metody meta-analýzy, a výrazná odlišnost jednoho ze dvou strat s doposud publikovanými výsledky.

Abstract:

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a monoclonal lymphoproliferative disease with an abnormally high number of nonfunctional B-lymphocytes. The most aggressive form of the disease is connected with mutations in gene TP53. Next-generation sequencing (NGS) has allowed detection of TP53 mutations with occurrence lower than 10 % alleles. This thesis deals with the influence of the low-burden TP53 mutations on the development of the CLL based on the data from multiple clinical centres. The survival analysis was the main approach in the proposed work. Time to second treatment and overall survival were analyzed with the Kaplan-Meier estimator and the Cox proportional hazard model. These methods were applied on the whole cohort and two strata separately. The Fisher’s exact test was used to determine relationships between TP53 gene mutations and other clinical parameters. The Kaplan-Meier estimator showed ambiguous results for low-burden mutations in the gene TP53 with an intermediate median survival between high-burden mutations and wild-type TP53 cases. The Cox regression detected partial influence of low-burden mutations on time to the second treatment, but the results were inconsistent across the studied strata. The Cox regression did not show the effect on overall survival. The Fisher’s exact test confirmed specific relationships between TP53 mutations and other clinical markers, e.g., FISH hierarchical category del(17p). In conclusion, the influence of low-burden mutations in gene TP53 on overall survival was not confirmed and the effect on time to second therapy remains unclear. The main limitations of the thesis were the small sample size of certain clinical centers and the high difference of one of the strata/clinical center.

Keywords

Chronická lymfocytární leukemie, minoritní mutace v genu TP53, Coxův model proporcionálních rizik, Kaplan-Meierův odhad, poměr rizik, analýza přežití, logistická regrese, smíšený regresní model, Fisherův exaktní test, Chronic lymphocytic leukemia, low-burden TP53 mutations, Cox proportional hazards model, Kaplan–Meier estimator, hazard ratio, survival analysis, logistic regression, mixed-effects regression model, Fisher exact test

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2023

Thesis defence

• Date of defence: 9. 6. 2023
• Supervisor: Mgr. Lenka Radová, Ph.D.
• Reader: RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Computational biology and biomedicine / Epidemiology and modeling