Molekulární interakce karboxypeptidázy B1

Bc. Richard Štefaník

Bachelor's thesis

Molecular interactions of carboxypeptidase B1

Abstract:

Karboxypeptidáza B1 (CPB1) je enzym produkovaný typicky pankreatem a nádory prsu, přičemž v našich předchozích studiích byla zjištěna zvýšená hladina proteinu i transkriptu u nádorů prsu luminálního A subtypu metastazujících do lymfatických uzlin proti nemetastazujícím. Tato práce je zaměřena na vyhledávání molekulárních interakčních partnerů CPB1. Za tímto účelem byla využita buněčná linie MCF7-CPB1-SBP-GFP a kontrolní linie MCF7-SBP-GFP, s touto dvojicí linií byl proveden pull-down experiment s následnou identifikací potenciálních interakčních partnerů pomocí kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie s datově nezávislým sběrem dat (LC-DIA-MS/MS). Pro vyloučení falešně pozitivních výsledků v důsledku koexprese byla data porovnána s výsledky analýzy celkového proteomu. Tímto postupem bylo identifikováno 7 interakčních partnerů CPB1, které byly dále validovány v databázi STRING. Nejvýznamnějším validovaným interakčním partnerem CPB1 byl katepsin D (CTSD), serinová proteáza s popsanou úlohou u nádorů prsu. CTSD je špatným prognostickým markerem karcinomu prsu a jeho úloha byla popsána kromě jiného jako induktor angiogeneze. Práce odhalila a potvrdila CTSD jako velmi pravděpodobného interakčního partnera CPB1

Abstract:

Carboxypeptidase B1 (CPB1) is an enzyme typically produced by the pancreas and breast tumors. Its expression and protein levels were found elevated levels in luminal A subtype breast tumors metastasizing to lymph nodes compared to non-metastatic ones. This thesis is focused on the protein-protein interaction partners of CPB1. For this purpose, the cell line MCF7-CPB1-SBP-GFP and the control line MCF7-SBP-GFP were used, a pull-down experiment was performed with a subsequent identification of potential interaction partners by liquid chromatography and mass spectrometry in data-independent acquisition mode (LC-DIA-MS / MS). To exclude false positive results due to the co-expression, the data were compared with the results of total proteome analysis. Using this procedure, seven CPB1 interaction partners were identified, which were further validated in the STRING database. The most important validated interaction partner of CPB1 was cathepsin D (CTSD), a serine protease with a described role in breast cancer. CTSD is a poor prognostic marker of breast cancer and its role as CTSD has been described, among others, as an inducer of angiogenesis. The thesis revealed and confirmed CTSD as a very likely interaction partner of CPB1.

Keywords

CPB1, MCF7, karcinom prsu, LC-MS/MS, protein-proteinové interakce, katepsin D, breast cancer, protein-protein interactions, cathepsin D

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 6. 2020

Thesis defence

• Date of defence: 16. 7. 2020
• Supervisor: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
• Reader: Mgr. Lucia Janáčová

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry