Molekulární identifikace a charakterizace klinicky významných mikromycet

Bc. Anna VÁVROVÁ

Master's thesis

Molecular identification and characterization of clinically relevant micromycetes

Abstract:

Vláknité houby neboli mikromycety jsou organismy způsobující řadu závažných onemocnění. V klinických mykologických laboratořích se pro jejich charakterizaci používá makromorfologická detekce pomocí světelné mikroskopie. Tato technika vyžaduje zkušeného mykologa a není zcela bezchybná. MALDI - TOF MS je analytická metoda, v současné době využívaná pro charakterizace kvasinek (další třída mikromycet) ve většině mikrobiologických laboratořích. Využití MALDI - TOF MS je v případě vláknitých hub problematické a poskytuje nepřesné výsledky. V předložené diplomové práci jsme se pokusili vyvinout efektivní metodu využívající MALDI - TOF MS pro identifikaci vláknitých hub. Tato metoda kombinuje MALDI - TOF MS s kultivací v tekutém médiu a extrakcí. Zaměřili jsme se na porovnání výsledků obdržených ze všech tří výše uvedených technik. Na rozdíl od jednoduchého měření MALDI - TOF MS z kultury jsme ukázali, že metoda MALDI - TOF MS po kultivaci v tekutém médiu a extrakci poskytuje výsledky ve vysoké shodě s mikroskopickým stanovením. Abychom demonstrovali, která technika poskytuje přesnější výsledky, provedli jsme sekvencování genomu vybraných izolátů. Mikromycety Aspergillus a Chaetomium byly také použity pro studium antimykotického působení specificky modifikovaných látek pomocí nanočástic stříbra. Data obdržená z měření antimykotické aktivity jsou nejasná a diskutovaná v předložené práci.

Abstract:

Filamentous fungi are known as a micromycetes which cause a number of serious diseases. In clinical mycological laboratories, only macromorphological detection using light microscopy is used for their characterization. This technique requires experienced mycologist able to recognize all kinds of fungi and is not flawless. MALDI - TOF MS is analytical method nowadays conventionally used for characterization of yeasts (another class of micromycetes) in most microbiological laboratories. However, utilization of MALDI - TOF in case of filamentous fungi is problematic and provides inaccurate results. In my thesis, we tried to develop a new method for using MALDI - TOF MS for identification of filamentous fungi with high determination rate. The method utilizes MALDI - TOF MS combined with prolong cultivation (PC). We focused on comparison of all three previously mentioned techniques. Unlike simple MALDI - TOF, we have shown that MALDI - TOF MS with PC provides very high accordance with microscopic determination. To demonstrate which method provides more accurate results we perform genome sequencing currently. Micromycetes Aspergillus and Chaetomium were also used for antimycotic activity studies of specifically modified substances using silver nanoparticles. Data obtained from the measurement of antifungal activity are unclear and discussed in this thesis.

Keywords

MALDI, TOF MS, identifikace, mikromycety

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 5. 2019

Thesis defence

• Supervisor: doc. MUDr. Petr Hamal, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Chemistry / Bioorganic Chemistry and Chemical Biology