Polymorfní kvadruplex formující segment DNA v promotoru c-Kit onkogenu

Bc. Barbora Zobačová

Master's thesis

Polymorphic quadruplex forming segment in promoter region of the c-Kit oncogene

Abstract:

Tato diplomová práce se skládá ze dvou částí. První část se zabývá strukturním polymorfismem, sekvence c-kit1 z promotorové oblasti lidského protoonkogenu c-kit. Cílem této části bylo ustanovit vztah mezi aktivitou promotorové oblasti protoonkogenu c-kit a jejích strukturních vlastností. Byla využita hypotéza, že přirozeně se vyskytující mutace v průběhu velmi krátkého evolučního času jsou funkčně neutrální, přesto však mohou ovlivnit konformační vlastnosti tohoto segmentu promotorové oblasti. Pouze vlastnosti, které jsou konzervovány mohou být považovány za biologicky aktivní. Na základě této hypotézy, byly vybrány sekvence c-kit1 z genomů primátů obsahující bodovou mutaci. Tyto sekvence byly studovány pomocí metod NMR, CD a UV spektroskopie, nativní gelové elektroforézy a metody spFRET. Druhá část se zabývá vlivem nízkomolekulárních látek přítomných v buňkách na selektivitu G-kvadruplex vazebných ligandů vůči různým typům G-kvadruplexových struktur. V této části byla využita FRET denaturační esej a G4-FID esej.

Abstract:

This thesis consists of two parts. The first part addresses structural polymophism of c-kit1 sequence from promoter region of human protooncogene c-kit. The aim of this part is to determine relationship between activity of promoter region of protooncogene c-kit and its structural features. We initially assumed, that naturally occuring mutations within ultrashort evolution time are functionally neutral, but can affect conformational features of these segment of promoter region. Only the features that are conserved can be regarded as biologically active. According to this hypothesis c-kit1 sequences from genomes of primates containing a point mutation was selected. These sequences were studied using methods of NMR, CD and UV spectroscopy, native gel electrophoresis and spFRET. The second part addresses the effect of low molecular weight compounds present in the cells on selectivity of G-quadruplex binding ligands to different types of G-qudruplex structures. In this part was employed FRET melting assay and G4-FID assay.

Keywords

protoonkogen c-kit, G-kvadruplexy, regulace exprese, polymorfismus G-kvadruplexů

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 20. 6. 2016
• Supervisor: doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Physics / Biophysics