Dekompozícia dátových štruktúr pre rendering veľkoobjemových dát

Mgr. Matúš Zamborský

Bakalářská práce

Data structures decomposition for large-scale datasets rendering

Abstract:

Protein analysis and development of new drugs is an area of research that advanced rapidly through various interdisciplinary connections. In the past it was necessary to use a microscope for any work with small elements such as proteins. Although development in microscopy undoubtedly advanced, it faces physical limits. This creates space for computer graphics that can make images indistinguishable from reality. In turn using modern hardware provides the opportunity to simulate behavior of complex structures such as proteins. However raw computing power is useless without well-written software. Consequently, there are many worldwide projects for protein visualization under development. They differ in focus. One of them is CAVER Viewer 3.0. This visualisator focuses on the rendering of tunnels in proteins using information about the dynamic behavior of molecules.

Abstract:

Analýza proteínov a tvorba nových liečiv je oblasť výskumu, ktorá v poslednej dobe vďaka rôzným interdisciplinárnym spojeniam rýchlo napreduje. V minulosti bolo nutné použiť mikroskop na akúkoľvek prácu s tak malými elementami, ako sú proteíny. Hoci vývoj v oblasti mikroskopie nepochybne taktiež pokročil, naráža na svoje fyzikálne limity. Tým vzniká priestor pre počítačovú grafiku, ktorá dokáže vytvoriť obraz na nerozoznanie od reality. Využitie moderného hárdveru zase prináša možnosť simulovať správanie sa tak zložitých štruktúr, akými proteíny sú. Hrubá výpočtový sila by však bez dobre napísaného softvéru nebola nanič. Preto vzniká po celom svete množstvo projektov na vizualizáciu proteinových štruktúr, ktoré sa líšia svojím zameraním. Jedným z nich je aj Caver Viewer 3.0. Tento vizualizátor sa zameriava na rendering tunelov v proteínoch využitím informácií o dynamickom správaní sa molekuly.

Klíčová slova

Proteín, molekula, vizualizácia, dátová reprezentácia, dynamika, Garbage kolektor, Caver Viewer

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2010
• Vedoucí: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Petr Tobola, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika