Strukturní a funkční analýza CRISPR/Cas lokusu v genomu koaguláza-negativních stafylokoků

Bc. Kristýna Kořená

Diplomová práce

Structural and functional analysis of CRISPR-Cas locus in genome of coagulase-negative staphylococci

Anotace:

CRISPR/Cas systémy se vyskytují pravděpodobně u více než poloviny bakterií. Kromě jiných obranných mechanismů, jako jsou např. RM systémy, chrání bakteriální buňky před cizorodou DNA. Vzhledem k rozvoji fágové terapie roste význam zkoumání mechanismů, kterými je bakterie chráněna před fágy. CRISPR/Cas však mohou sloužit také jako nástroj pro editaci genomů. Tato diplomová práce je zaměřena na studium CRISPR/Cas systémů u Staphylococcus petrasii, který je řazen mezi koaguláza negativní stafylokoky. Jsou zde charakterizovány dva CRISPR lokusy, které byly detekovány u S. petrasii subsp. jettensis a S. petrasii subsp. pragensis. Byl sestaven kyvadlový vektor pro ověření funkce CRISPR systému schopný replikace v Escherichia coli a přenosu do S. petrasii subsp. pragensis.

Abstract:

CRISPR/Cas systems are probably present in more than half of the bacteria. In addition to other defense mechanisms such as RM systems, CRISPR/Cas protects bacterial cells against foreign DNA. Due to the development of the phage therapy, it is increasingly important to investigate the mechanisms by which bacteria resist phages. However, CRISPR/Cas can also serve as a genome editing tool. This thesis is focused on the study of CRISPR/Cas systems in Staphylococcus petrasii, which is classified as coagulase negative staphylococci. Two CRISPR loci that have been detected in S. petrasii subsp. jettensis and S. petrasii subsp. pragensis are characterized here. A shuttle vector for CRISPR/Cas function capable of replication in Escherichia coli and transmission to S. petrasii subsp. pragensis has been constructed to verify the CRISPR system function.

Klíčová slova

CRISPR/Cas, koaguláza-negativní stafylokoky, Staphylococcus petrasii, obranné mechanismy, horizontální přenos genů, bakteriofágy, coagulase-negative staphylococci, defense mechanisms, horizontal gene transfer, bacteriophages

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 6. 2019
• Vedoucí: prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
• Oponent: Mgr. Juraj Bosák, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika