Chromatinová imunoprecipitace jako nástroj výzkumu interakce proteinu p53 s DNA.

David ŽIHALA

Bachelor's thesis

Chromatine immunoprecipitation as a tool of the research of the interactions p53 with DNA.

Anotácia:

Protein p53 je významný transkripční faktor, který svou funkcí dokáže zabránit vzniku nádorového bujení. Klíčový prvek pro správnou funkci proteinu p53 je jeho vazba na DNA, která může být realizována sekvenčně specificky nebo sekvenčně nespecificky. Sekvenčně specificky se protein p53 váže na konsensní sekvenci p53CON. Sekvenčně nespecifická vazba nevyžaduje tuto sekvenci a zdá se být strukturně selektivní s vysokou afinitou pro lokální otevřené struktury DNA. Důležité informace ohledně vazby proteinu p53 na DNA poskytla metoda chromatinová imunoprecipitace, díky níž je možno přesně určit úseky DNA, na které se protein váže. V této práci byl strukturně analyzován úsek DNA získaný chromatinovou imunoprecipitací a neobsahující sekvenci p53CON. Ke strukturní analýze byla použita endonukleáza S1 a restrikční endonukleázy. Byla zkoumána také vazebná afinita proteinu p53 k této sekvenci.

Abstract:

Protein p53 is an important transcription factor that can prevent tumor growth thanks to its function. The key element for the proper function of p53 is its binding to DNA, which can be implemented sequence-specifically or sequence-non-specifically. The p53 protein binds to consensus sequence p53CON sequence-specifically. Sequence-nonspecific binding does not require this sequence and seems to be structurally selective with high affinity for local open structure of DNA. Important information regarding the binding of p53 to DNA has been provided by chromatin immunoprecipitation method which makes it possible to accurately determine the DNA segments to which the protein binds. The DNA segment obtained by chromatin immunoprecipitation and not containing sequence p53CON has been structurally analyzed in this work. S1 endonuclease and restriction endonuclease have been used for the structural analysis. The binding affinity of p53 to this sequence has been also examined.

Kľúčové slová

protein p53, sekvenčně nespecifická vazba, lokální otevřené struktury chromatinová imunoprecipitace, enzymatické sondy

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 4. 2013

Zverejniť od: 22. 4. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 5. 2013
• Vedúci: RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biology / Experimental Biology