Signál selekce v kódující sekvenci DNA

Mgr. Kristína Vozáriková

Bakalářská práce

Signal for selection in coding DNA sequence

Anotace:

Syndrom bílého nosu je plísňové onemocnění způsobující rapidní úmrtnost v populacích hibernujících netopýrů v Severní Americe. Chladnomilná plíseň Pseudogymnoascus destructans, která je zřejmě příčinou tohoto onemocnění, byla nalezena i u evropských netopýrů, avšak bez důkazu o jejich zvýšené úmrtnosti. Z poznatků získaných o průběhu syndromu bílého nosu předpokládáme, že rozdíl v přežívání infikovaných netopýrů mezi kontinenty může souviset s evolučními změnami u genů regulujících strukturu epidermu nebo metabolismus vody. Ve své bakalářské práci testuji tuto hypotézu pomocí komparativních metod určených k detekci signálu selekce v kódující sekvenci DNA. Ze sedmi analyzovaných genů byly odhaleny dva pod pozitivní selekcí, které svojí pozměněnou funkcí mohou mít vliv na rozdílné přežívání netopýrů napadnutých tímto patogenem.

Abstract:

White-nose syndrome is a fungal disease causing massive declines in populations of hibernating bats in North America. Psychrophilic fungus Pseudogymnoascus destructans seems to be the causative agent of the disease. This fungus was found in European bats as well, but with no evidence of their increased mortality. From the knowledge acquired about the course of the syndrome, we assume that the difference in survival rates of infected bats between continents may be linked with some evolutionary changes in genes involved in epidermal structure formation or the metabolism of water. In this thesis I test this hypothesis by means of comparative approaches designed to detect a signal for positive selection in coding DNA sequence. From seven analyzed genes there were detected two of them under positive selection, which may have an influence on the difference in survival rates of bats infected by this pathogen due to their modified function.

Keywords

Pozitivní selekce, syndrom bílého nosu, Pseudogymnoascus destructans, metoda maximální věrohodnosti

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 9. 2014
• Vedoucí: Mgr. Natália Martínková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Matematická biologie