Asociace predikovaných metabolitů z 16S rRNA sekvenování stěrů nádorové tkáně s genovou expresí nádorů u pacientů s CRC

Bc. Miriam Fandáková

Bakalářská práce

Association of predicted metabolites from 16S rRNA sequencing of tumor tissue swabs with tumour gene expression in CRC patients

Abstract:

Colorectal cancer is among the most common types of solid tumours, which are characterized by high heterogeneity and are responsible for many deaths. This disease is significantly influenced by the composition of the gut microbiome, which is why many studies are currently focusing on the interactions between colorectal cancer and the gut microbiome. In this bachelor's thesis, I investigate associations between predicted tumour metabolites and tumour gene expression tissue samples from patients with colorectal carcinoma. Predicted metabolites were generated from 16S rRNA sequenced tumour tissue smears using the PRMT method. The obtained results confirm the existence of a number of statistically significant associations between predicted tumour metabolites and tumour gene expression. Next, I examined one of these significant associations in more detail. Based on the results, I identified bacterial genera that potentially produce certain metabolites, and these can subsequently influence tumour progression or regression. I consider this to be the greatest contribution of my bachelor's thesis.

Abstract:

Kolorektální karcinom patří mezi nejčastější typy solidních nádorových onemocnění, které se vyznačují vysokou heterogenitou a zároveň jsou zodpovědné za velké množství úmrtí. Toto onemocnění je výrazně ovlivněno složením střevního mikrobiomu, a proto se v současnosti mnohé studie zaměřují na interakce mezi kolorektálním karcinomem a střevním mikrobiomem. V této bakalářské práci se zabývám asociacemi mezi predikovanými metabolity na nádoru a genovou expresí nádoru pacientů s kolorektálním karcinomem. Predikované metabolity byly vytvořeny z 16S rRNA sekvenovaných stěrů z nádorové tkáně prostřednictvím metody PRMT. Získané výsledky potvrzují existenci množství statisticky významných asociací mezi predikovanými metabolity na nádoru a genovou expresí nádoru. Dále jsem detailněji prozkoumala jednu z těchto významných asociací. Na základě výsledků jsem identifikovala bakteriální rody, které potenciálně produkují určité metabolity, a ty následně mohou ovlivňovat progresi nebo regresi nádoru. Právě tohle považuji za největší přínos mé bakalářské práce.

Klíčová slova

Kolorektální karcinom, Střevní mikrobiom, Asociace, Metabolity, Genová exprese, Colorectal cancer, Gut microbiome, Association, Metabolites, Gene expression

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 6. 2024
• Vedoucí: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Matematická biologie a biomedicína / Biomedicínská bioinformatika