Diverzita kryptosporidií infikujících hlodavce rodu Apodemus v České republice

Bc. Šárka ČONDLOVÁ

Diplomová práce

Diversity of Cryptosporidium spp. infecting rodents from genus Apodemus in the Czech Republic

Anotace:

V průběhu roku 2012 byli na 10 vybraných lokalitách v České republice vyšetřeni volně žijící hlodavci z rodu Apodemus na přítomnost kryptosporidiových infekcí. Celkem bylo odebráno 207 vzorků trusu, 182 vzorků z myšice lesní (Apodemus flavicollis) a 25 kusů myšice křovinné (Apodemus sylvaticus), a vyšetřeno na přítomnost Cryptosporidium spp. pomocí specifického barvení anilin-karbol-methyl violetí a molekulárními metodami. Mikroskopické vyšetření vzorků odhalilo přítomnost oocyst Cryptosporidium spp. ve 24 vzorcích myšice lesní (Apodemus flavicollis) a v 1 vzorku myšice křovinné (Apodemus sylvaticus). Genomová DNA byla izolována jak z mikroskopicky pozitivních, tak negativních vzorků. Pomocí nested PCR amplifikující část genu kódujícího malou ribozomální podjednotku (SSU rRNA) byla detekována přítomnost specifické DNA kryptosporidií ve 25 vzorcích. Stejných výsledků bylo dosaženo i u nested PCR amplifikující gen kódující aktin. Všechny mikroskopicky pozitivní vzorky byly současně i PCR pozitivní. Pouze 19 vzorků bylo úspěšně sekvenováno a následné fylogenetické analýzy ukázaly přítomnost 2 nových genotypů. První genotyp je fylogeneticky nejblíže C. ubiquitum (1 vzorek) a druhý genotyp (obsahující několik podskupin) je fylogeneticky příbuzný s Cryptosporidium canis (18 vzorků). Nové genotypy se zdají být hostitelsky specifické, nicméně tato hypotéza musí být v budoucnu ověřena pomocí experimentálních infekcí. Dle našich znalostí se jedná o první popis těchto genotypů u zástupců rodu Apodemus a současně o první popis vůbec.

Abstract:

We investigated the species and genotypes of Cryptosporidium infecting wild rodents from the genus Apodemus in ten areas in the year 2012 in the Czech Republic. A total of 207 faecal samples, 182 samples of Apodemus flavicollis and 25 of Apodemus sylvaticus, were screened for presence of Cryptosporidium spp. using both the aniline-carbol-methyl violet staining method and molecular tools. Microscopy examination revealed the presence of Cryptosporidium spp. oocyst in 24 samples of Apodemus flavicollis and 1 sample of Apodemus sylvaticus. Genomic DNA was isolated from both microscopy positive and negative samples. Using the nested PCR amplifying gene encoding the small ribosomal subunit (SSU rRNA) 25 samples were detected positive for the presence of Cryptosporidium-specific DNA. The same results were obtained also in the nested PCR amplifying gene encoding actin. All microscopy positive samples were also PCR positive. Only 19 samples were successfully sequenced, following phylogeny analyses showed presence of two new genotypes. First genotype is phylogenetically related to Cryptosporidium ubiquitum (1 sample) and the second genotype (consisting of several subgroups) related to C. canis (18 samples). The new genotypes seem to be host specific, however this hypothesis needs to be verified using experimental infection in the future. This is the first report of these Cryptosporidium genotypes in Apodemus spp. and for the first time ever.

Klíčová slova

Klíčová slova, Cryptosporidium spp., Apodemus, diverzita, PCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 4. 2013

Zveřejnit od: 26. 4. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Zemědělská fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Zemědělské inženýrství / Živočišné biotechnologie