Charakterizace bakteriálních patogenů, včetně genů rezistence, pomocí PCR a analýzy křivky tání

Ing. Magdaléna CHROMÁ

Disertační práce

Characterization of Bacterial Pathogens, Including Resistance Genes, using PCR and melting curve analysis

Anotace:

Cieľom dizertačnej práce bolo sledovanie prevalencie enterobakterií s produkciou širokospektrálnych ?-laktamáz v humánnej a animálnej oblasti, so zameraním na epidemiologickú analýzu získaných izolátov a genetickú charakterizáciu prítomných enzýmov. S využitím PCR a priameho sekvenovania boli u kmeňov Escherichia coli potvrdené špecifické jednonukleotidové mutácie, vedúce k nadprodukcii AmpC enzýmu u daného druhu. Ide o prvý genetický popis mutácií v ampC géne v prostredí Českej republiky. Ďalej bola navrhnutá technika využívajúca multiplex PCR a analýzu krivky topenia s vysokým rozlíšením, ktorá umožnila amplifikáciu troch bla génov v jednej reakcii a rýchlu identifikáciu prítomných enzýmov. Táto nová metóda bola následne použitá na genetickú charakterizáciu izolátov Escherichia coli s produkciou širokospektrálnych ?-laktamáz, získaných z jednotiek intenzívnych starostlivostí troch českých nemocníc, čím sa overila možnosť využitia v klinickej praxi.

Abstract:

The aim of the dissertation thesis was to monitor the prevalence of enterobacteria producing extended-spectrum ?-lactamases in human and animal population, focusing on epidemiologic analysis of acquired isolates and genetic characterization of present enzymes. Using PCR and direct sequencing, the specific single nucleotide mutations, causing high-level AmpC production, were detected in Escherichia coli strains. It is the first genetic description of these types of mutations in the Czech Republic. Another our outcome was the development of a technique consisting of PCR and high resolution melting curve analysis to amplify three bla genes in a single reaction and to rapid identification of present enzymes. After its development, the novel method was used for genetic characterization of Escherichia coli isolates producing extended-spectrum ?-lactamases from intensive care units of three Czech hospitals. Thereby, the applicability of this detection system in clinical practice was verified.

Klíčová slova

patogén, antibiotická rezistence, genetická analýza, PCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 1. 2011

Zveřejnit od: 21. 1. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 5. 2011

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Lékařská fakulta

Doktorský studijní program / obor:
Lékařská mikrobiologie / Lékařská mikrobiologie