Variabilita uvnitř MHC u zástupců koňovitých

Bc. Jan Starý

Master's thesis

Variability within MHC at Equidae

Abstract:

Diplomová práce se je pilotní studií, která se zaobírá variabilitou uvnitř hlavního histokompatibilitního komplexu (MHC) u zástupců koňovitých. Cílem bylo ověřit, zda se dají mikrosatelity v oblasti hlavního histokompatibilitního komplexu (MHC) popsané u koní použít i u dalších zástupců koňovitých pro studium variability. Konkrétněji, které mikrosatelity jsou amplifikovatelné a pokud ano, v jaké míře jsou polymorfní i u dalších zástupců koňovitých. V práci byly stanoveny genotypy 33 koňovitých (zeber a oslů) v rámci 12 mikrosatelitů popsaných u koní, které se podařilo amplifikovat (z původních 15 mikrosatelitů) a následně analyzovat pomocí fragmentační analýzy. Bylo zjištěno, že všechny mikrosatelity jsou polymorfní. Pozorovaná heterozygotnost se pohybovala od 0,097 (TKY 3324) do 0,848 (CZM002). Očekávaná heterozygotnost se pohybovala od 0,500 (TKY 3324) do 0,890 (ABGe 9019). Hodnoty PIC se pohybovaly od 0,447 (TKY 3324) do 0,864 (ABGe 9019). Bylo celkem detekováno 121 různých alel s průměrným počtem 10,08 alel na jeden lokus. Počet alel v lokusu se pohyboval v rozmezí 5 (TKY 3324) až 13 (ABGe 9019).

Abstract:

The thesis is a pilot study focused on the variability within the major histocompatibility complex at Equidae. The objective was to verify whether the microsatellites occurring in the region of MHC reported at horses can be used for variability study also in case at other Equidae. Specifically – which concrete mikrosatellites can be amplified and to what degree can be polymorphic at other species of Equidae. Thirty-three genotypes of Equidae (zebras and donkeys) were determined within twelve microsatellites described at horses that were also amplified (from originally fifteen microsatellites) and subsequently analyzed using fluorescent fragment analysis. It was found that all microsatellites are polymorphic. The observed and expected heterozygosity varied from 0.097 (TKY 3324) to 0.848 (CZM002). The expected heterozygosity varied from 0.500 (TKY 3324) to 0.890 (ABGe 9019). The PIC values varied from 0.447 (TKY 3324) to 0.864 (ABGe 9019). 121 different alleles in total were detected with the average 10,08 allele per one locus. The number of alleles in one locus varied from 5 (TKY 3324) to 13 (ABGe 9019).

Keywords

mikrosatelity, hlavní histokompatibilitní komplex (MHC), koňovití, polymorfismus

Keywords

Equidae, microsatelites, polymorphism, major histocompatibility complex

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 2. 6. 2022
• Supervisor: prof. RNDr. Aleš Knoll, Ph.D.
• Reader: Leona Vychodilová, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / field:
Animal Breeding / Animal Biotechnology