Detekce mutací a intragenových přestaveb v genech BRCA1 a BRCA2 pomocí sekvenování a metody MLPA

Kristýna PECHOVÁ

Bachelor's thesis

Detection of mutations and intragenic rearrangements in BRCA1 and BRCA2 genes by sequencing and MLPA method

Abstract:

Ve své bakalářské práci jsem se zabývala detekcí mutací v BRCA genech a jejich vlivem na vznik karcinomu prsu. Toto téma je v dnešní době velice důležité, protože právě karcinomy prsu jsou nejčastějším nádorovým onemocněním u žen v České republice (Weinberger a Zikán, 2016). V teoretické části jsem se zaměřila na karcinom prsu, především na jeho diagnostiku a následnou léčbu. Dále jsem se věnovala genetickému poradenství a vyšetření, které je pro diagnostiku dědičných forem karcinomů velmi důležité. Uvedla jsem základní informace týkající se BRCA genů a jejich bílkovinných produktů a shrnula jsem problematiku mutací v těchto genech a jejich souvislost s nádorovým onemocněním, zejména prsu a ovária. V praktické části jsem se věnovala vyšetření vybraných oblastí BRCA genů metodou Sangerova sekvenování. Dnes se BRCA geny vyšetřují metodou NGS, protože umožňuje prohlédnout všechny exony daného genu najednou, ale toto testování nebylo v mých laboratorních podmínkách možné provést, proto jsem zvolila metodu Sangerova sekvenování, která má však určitá kapacitní omezení. Pomocí metody PCR jsem připravila vzorky pro Sangerovo sekvenování, které následně provedla firma Genseq s.r.o. V poslední části své práce jsem zpracovala získané sekvence a provedla vyhodnocení výsledků. Sekvenační metodou jsem nechala vyšetřit celkem 20 anonymizovaných vzorků, z toho byla mutace přítomna u 4 vzorků - jedna byla patogenní, jedna benigní a dvě s nejasným významem.

Abstract:

In my bachelor thesis I dealt with the detection of mutations in BRCA genes and their effect on the development of breast cancer. Nowadays, this topic is very important, because breast cancer is the most common cancer among women in the Czech Republic (Weinberger a Zikán, 2016). In the theoretical part I focused on breast cancer, particularly on its diagnosis and consequent treatment. I also dedicated genetic counselling and examination, which is very important for the diagnosis of hereditary forms of cancer. I mentioned basic information about BRCA genes, and their protein products and I summarized the issue of mutations in these genes and their relationship to cancer, particularly breast and ovarian. In the practical part, I focused on the examination of selected areas of BRCA genes by the Sanger sequencing method. At present, BRCA genes are examined by the NGS method, because it allows for the analysis of all exons of one particular gene at once, but this testing wasn't possible to realize in my laboratory conditions, therefore I have chosen the method of Sanger sequencing, which does, however, have certain capacity limitations. By using the PCR method, I prepared samples for testing by Sanger sequencing. This testing was conducted by the firm Genseq s.r.o. In the last part of my thesis I processed the obtained sequences and I evaluated the results. I examined a total of 20 anonymized samples using the sequencing method. Mutation was present in 4 samples of the total amount - one was pathogenic, one benign and two of uncertain significance.

Keywords

BRCA1, BRCA2, karcinom prsu, Sangerovo sekvenování, genetické testování, MLPA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 6. 2020

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Tomáš Nix, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician