Studium molekulových interakcí v L1 ribosomálním stalku – Bc. Miroslav Krepl, Ph.D.
Bc. Miroslav Krepl, Ph.D.
Master's thesis
Studium molekulových interakcí v L1 ribosomálním stalku
Study of molecular interactions in L1 ribosomal stalk
Abstract:
L1 stalk je důležitý mobilní element velké ribosomální podjednotky. V naší práci zkoumáme jeho nekanonické elementy, které zahrnují dva kink-turny, interní smyčku a tetrasmyčku. Užili jsme bioinformatiku k identifikaci konzervovaných oblastí L1 stalku a spočítali více než 11.5 µs MD simulací pro řadu různých systému od izolovaných RNA bloků až ke komplexům L1 stalkové rRNA s L1 proteinem a tRNA fragmentem …moreAbstract:
L1 stalk is a prominent mobile element of the large ribosomal subunit. We explore the structure and dynamics of its non-canonical rRNA elements, which include two kink-turns, an internal loop and a tetraloop. We use bioinformatics to identify the L1 stalk RNA conservation patterns and carry out over 11.5 µs of MD simulations for a set of systems ranging from isolated RNA building blocks up to complexes …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 7. 5. 2013
Identifier:
https://is.muni.cz/th/jdq28/
Thesis defence
- Date of defence: 18. 6. 2013
- Supervisor: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceMaster programme / field:
Biochemistry / Biomolecular Chemistry
Theses on a related topic
-
Předpověď stability proteinů pomocí kombinace strojového učení a molekulové mechaniky
Elkhan Malmanov -
Studium stability uhlíkových teček metodami molekulové mechaniky
Michal LANGER -
Studium komplexů proteinů metodami molekulového modelování
Veronika Lásková -
Studium konformačního chování amyloidu beta a jeho mutantů v pozici 35 metodami molekulového modelování
Libuše Dvořáková -
Studium molekulových interakcí v nukleových kyselinách: (deoxy)ribosa-báze a fosfát-báze
Klaudia Mráziková -
Strukturní studium interakcí mezi proteiny, které se účastní ukončení transkripce
David Zapletal -
Hledání biologicky aktivních látek metodami výpočetní chemie
Tomáš Bouchal -
Frontend pro databázi parciálních atomových nábojů
Dominik Toušek