Tool for Quality Assessment of Microarray Hybridization Data

Bc. Jan Kotrs

Master's thesis

Anotácia:

Navzdory tomu, že bioinformatika patří mezi nejrychleji se vyvíjející obory jak po stránce vědomostní, tak technologické, porozumění komplexním vztahům mezi geny stále ještě není kompletní. Znalost přibližnho množství genů přítomných ve vzorku v daném čase je pro zkoumání těchto interakcí nezbytné. Tento předpoklad se stal základem technologie microarray, která umožňuje měřit relativní výskyt velkého množství genů zároveň. Její nasazení v běžné zdravotní praxi je ale komplikováno značným množstvím šumu v naměřených datech. Aby se dalo těmto nepřesnostem předcházet, je nutné provést důkladnou analýzu samotné platformy a jejích vnitřních zákonitostí. Tato práce má za cíl přispět k celému procesu zkoumání představením nového softwarového nástroje nazvaným CMAT. CMAT byl vyvíjen tak, aby poskytoval flexibilní prostředí pro analýzu dat z vlastních navržených microarray experimentů a dovoloval rozšíření funkcí pomocí modulů, takže může být přizpůsoben různým požadavkům.

Abstract:

Despite bioinformatics being one of the most rapidly evolving fields both in technology and knowledge, understanding complex interactions among human genes is still incomplete. When exploring gene interactions and their function, knowing at least their relative abundance in particular environment and time is essential. Thus a platform allowing for massively parallel gene abundance measurements called microarray was designed to address this issue. Nevertheless, various factors are still producing significant noise in measured data, so their application in clinical day-to-day business is limited. To help overcome those limits, thorough data investigation has to be done to uderstand the platform’s inner workings accurately. To contribute to such investigative process, this thesis introduces new software tool called CMAT which provides flexible environment for probing data from custom designed experiments. Since it is developed as an extensible tool, it may serve many purposes in different settings.

Keywords

microarray, analýza kvality dat, CMAT, data quality assessment

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 29. 6. 2012
• Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics