Optimalizace simulací v biomedicíně

Bc. Peter Kováč

Bakalářská práce

Optimization of Simulations in Medical Biology

Abstract:

The bachelor thesis deals with optimizing of existing implementation of Cellular Potts Model (in C/C++), which is widely used to simulate behaviour of cell's population in various biological processes. This thesis describes characteristics of Cellular Potts Model and its optimization. Optimization consists of three parts. In first part applied algorithms are analyzed and use of more effective algoritms is considered. Second part focuses on optimization of C/C++ code. In third part this thesis describes possibilities to speedup model with parallelism.

Abstract:

Cieľom bakalárskej práce je optimalizovať existujúcu implementáciu Cellular Potts Modelu, ktorý slúži na simulovanie populácií buniek v rôznych biologických situáciách. Táto optimalizácia bude pozostávať z troch fáz. V prvej fáze sa analyzujú použité algoritmy. Algoritmy so zlou časovou zložitosťou budú nahradené inými efektívnejšími. Druhá fáza sa zameria na optimalizáciu kódu napísaného v programovacom jazyku C/C++. Tretia fáza rozoberie škálovateľnosť modelu v závislosti od počtu bežiacich vlákien.

Klíčová slova

Cellular Potts Model, optimalizácia, profiling, techniky optimalizácie v C/C++, paralelizmus

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2016
• Vedoucí: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika