Detekce vybraných genetických markerů u sarkomů a sarkomových buněčných linií.

Bc. Barbora Bujoková, Ph.D.

Master's thesis

Detection of selected genetic markers in sarcomas and sarcoma cell lines

Abstract:

Sarkomy jsou typem nádorů vznikajících nádorovou transformací buněk mezenchymálního původu a ve srovnání s karcinomy představují méně častou formu nádorového onemocnění. Jednu z podskupin sarkomů tvoří primární nádory kostí – osteosarkomy. Vzhledem k nižší četnosti výskytu těchto nádorů a komplexnosti pozorovaných genetických změn nebyly dosud určeny žádné konkrétní diagnostické ani prognostické genetické markery, které by v některých případech mohly vést ke zpřesnění diagnózy, eventuálně i předpovědi průběhu onemocnění. Cílem předkládané práce bylo detekovat počet kopií genů c-myc a MDM2 v osteosarkomové nádorové tkáni a buněčných liniích derivovaných z nádorové tkáně pacientů s osteosarkomem metodou fluorescenční in situ hybridizace. Analýza počtu kopií genu c-myc v buňkách primární nádorové tkáně osteosarkomu naznačila, že amplifikace tohoto genu není v tomto typu nádoru častá. Zisk i ztráta kopie genu c-myc se ve vzorcích osteosarkomové tkáně vyskytoval s obdobným zastoupením. Nejčastěji pozorovaným stavem počtu kopii genu c-myc v tkáňových řezech byl stav balancovaný. Počty kopií genu MDM2 v osteosarkomové nádorové tkáni vedly k domnění, že ani amplifikace tohoto genu nebude u osteosarkomů frekventovanou událostí. V případě genu MDM2 však bylo zastoupení buněk se ziskem kopie sledovaného genu menší, než zastoupení buněk s jeho ztrátou. Stejně tak jako u genu c-myc, byl pro počet kopií genu MDM2 nejčastěji pozorovaný balancovaný stav. Využití tkáňových kultur pro studium prognostických markerů u osteosarkomů může být komplikováno procesem klonální selekce probíhající při dlouhodobé kultivaci. To je dokumentováno převažujícím zastoupením buněčných klonů s normálním počtem signálů pro geny c-myc a MDM2 v analyzovaných buněčných liniích.

Abstract:

Sarcomas are malignant tumors of mesodermal origin and represent less frequent forms of cancer, if compared with carcinomas. One of the subgroups of sarcomas are the primary bone tumors — osteosarcomas. Considering low incidence of this tumor type and high complexity of observed genetic changes, neither diagnostic nor prognostic markers, which may help to specify the diagnosis or prognosis of the disease, have been identified so far. The aim of the present thesis is to detect number of gene copies of two genes: c-myc and MDM2 in tissue sections as well as in osteosarcoma cell lines derived from tumor tissue of patients with osteosarcoma by using fluorescence in situ hybridization. Analysis of gene copy number of c-myc in primary tumor has indicated that amplification of this gene is rather rare in this kind of tumor. Gain and loss of the c-myc gene copies in tissue samples occurred with similar rates. Balanced copy number of the c-myc gene was the most frequently finding in tissue sections. Detected numbers of MDM2 gene copies in osteosarcoma tumor tissue led to assumption, that amplification of this gene would not be a frequent event. Regarding MDM2 gene population of cells with gain of copy of investigated gene is smaller if compared with population of cells with loss of this gene. As in the case of c-myc gene, the balanced gene copy number was the most frequently observed situation for the MDM2 gene. Utilization of tissue cultures to study prognostic markers within osteosarcoms may be complicated by clonal selection process, which takes place in case of long-term cultivation. This is documented by dominant representation of cell clones with normal number of signals for c-myc and MDM2 genes in analyzed cell lines.

Keywords

osteosarkom, histologické řezy, buněčné linie, c-myc, MDM2, fluorescenční in situ hybridizace. Osteosarcoma, tissue sections, cell line, fluorescence in situ hybridization

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 16. 6. 2010
• Supervisor: prof. RNDr. Renata Veselská, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics