Charakterizace delečních linií chromozomu 3D pšenice seté

Bc. Radim SVAČINA

Diplomová práce

Characterisation of deletion lines for bread wheat chromosome 3D

Anotace:

Pšenice představuje jednu z nejdůležitějších hospodářských plodin, a proto je studium jejího genomu důležitým faktorem pro šlechtění nových, výnosnějších a odolnějších odrůd. Toto studium je však ztíženo velikostí její genetické informace a vysokým obsahem repetitivních sekvencí. Hlavní cíl studia genomu pšenice představuje získání referenční sekvence pro všechny její chromozomy a anotace jejích genů. V cestě k tomuto cíli je nutné využít vysoké množství různých materiálů, mezi které také patří deleční linie. Ty se využívají například při ukotvování fyzické kontigové mapy nebo při mapování hospodářsky významných genů.Cílem této práce byla charakterizace delečních linií chromozomu 3D pšenice seté kultivaru 'Chinese Spring', získaných tzv. gametocidálním systémem. Charakterizace probíhala pomocí nově navržených STS molekulárních markerů. Tímto postupem byla získána populace delečních linií, skládající se o 62 jedincích pro krátké rameno tohoto chromozomu a o 89 jedincích pro dlouhé rameno, kdy rozlišení pro 3DS se pohybuje okolo 5 Mbp a pro 3DL okolo 10 Mbp. Navrhování nových STS markerů se zejména zaměřovalo na distálních 100 Mbp krátkého ramene chromozomu 3D. V této oblasti se nachází gen "pairing homologues" Ph2 podílející se na správném párování chromozomů v průběhu meiózy, který bude pomocí takto získaných delečních linií dále mapován.

Abstract:

Wheat is one of the most important crops, and therefore the study of its genome is an important factor for the breeding of new, more profitable and resistant varieties. However, this study is complicated by the size of its genetic information and high content of repetitive sequences. The main objective of the wheat genome study is obtaining a reference sequence of all its chromosomes and annotation of its genes. On the path to this goal, it is necessary to use high quantity of different materials, including deletion lines. These are for example used in anchoring of contig physical maps or in mapping of agronomically important genes. The objective of this work was a characterisation of deletion lines of 3D chromosome in common wheat cultivar 'Chinese Spring', obtained by the so-called gametocidal system. Characterisation was carried out using a newly designed STS molecular markers. By this procedure, a population of deletion lines was obtained. It is consisted of 62 individuals for the short arm of this chromosome and 89 individuals for the long arm, the resolution for 3DS is around 5 Mbp and 3DL about 10 Mbp. Designing of new STS markers was focused on the distal 100 Mbp of the short arm of chromosome 3D. In this area, there is a gene "Pairing homologues" Ph2 involved in the correct pairing of chromosomes during meiosis, which will be further mapped using these deletion lines.

Klíčová slova

Triticum aestivum, deleční linie, fyzické mapování, PCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 5. 2016

Zveřejnit od: 2. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Jan Bartoš, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie