Detekce lokálních otevřených struktur v přirozených p53-vazebných sekvencích pomocí strukturních sond.

Bc. Monika HERMANOVÁ

Master's thesis

Detection of local open strtuctures in natural p53-binding sequences by means of structural probes.

Abstract:

Protein p53 je důležitý nádorový supresor, který při poškození DNA způsobuje zastavení buněčného cyklu nebo apoptózu buňky a dokáže tak zabránit maligní transformaci buňky. Působí jako transaktivátor řady genů, pro jeho funkci je nezbytná vazba na DNA. Na DNA se p53 váže sekvenčně specificky nebo sekvenčně nespecificky. Při sekvenčně nespecifické vazbě dochází k vazbě na sekvenci, která neobsahuje konsensní vazebné místo pro p53. Sekvence studované v této práci vykazují zvýšenou vazebnou afinitu k p53 a neobsahují konsensní vazebné místo p53. S využitím chemických (komplexy oxidu osmičelého) a enzymatických (nukleáza S1) strukturních sond a kombinace několika restrikčních endonukleáz bylo zjištěno, že v sekvenci 9-17 dochází k tvorbě lokální otevřené struktury. Tato struktura se v sekvenci nachází mezi 120. a 200. párem bází. Přítomnost struktury odlišné od B-DNA byla potvrzena při různých podmínkách, a to při pH v rozmezí 4,5 až 8 a v přítomnosti hořečnatých, draselných a zinečnatých iontů nebo v nepřítomnosti iontů.

Abstract:

p53 protein is an important tumor suppressor, which induces cell cycle arrest or apoptosis when DNA damage occurs in a cell. Therefore it can inhibit malignant cell transformation. p53 transactivates a number of genes, thus its interaction with DNA is crucial for its function. p53 binds DNA in a sequence specific or sequence non-specific manner. Sequence non-specific binding means that p53 binds DNA not containing the p53 consensus binding site. Sequences analyzed in this thesis display p53 binding affinity and do not contain the p53 consensus binding site. Using chemical (osmium tetroxide complexes) and enzymatical (nuclease S1) structural probes and a combination of restriction endonucleases, local open structure was proved in the 9-17 sequence. This structure is located in a region between 120 and 200 base pair of the sequence. The non-B structure was shown under various conditions, including pH varying from 4.5 to 8 and presence of magnesium, potassium and zinc cations or absence of ions.

Keywords

protein p53, lokální otevřené struktury, strukturní sondy

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 4. 2011

Accessible from:: 22. 4. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 6. 6. 2011
• Supervisor: RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Systematic Biology and Ecology