Typizace fenotypově obtížně odlišitelných izolátů koaguláza-negativních druhů stafylokoků

Bc. Jana Chomoucká

Master's thesis

Typing of phenotypicaly difficult distinguishable isolates of coagulase-negative staphylococci

Abstract:

Koaguláza negativní stafylokoky tvoří významnou část přirozené mikroflóry pokožky a sliznic člověka a zvířat. Tyto mikroorganizmy mohou ale také být původci závažných infekcí, zejména infekcí nozokomiálního původu. Kmeny způsobující nozokomiální infekce jsou častěji než jiné kmeny koaguláza negativních stafylokoků vybaveny vlastnostmi považovanými za faktory virulence (schopnost tvořit biofilm, antimikrobní rezistence aj.). Z klinických a epidemiologických důvodů je proto důležitá přesná identifikace a typizace těchto kmenů. Cílem této diplomové práce bylo s pomocí fenotypových a genotypových metod identifikovat 31 fenotypově obtížně odlišitelných izolátů koaguláza negativních druhů stafylokoků z humánního klinického materiálu, a poté srovnat výsledky identifikace dosažené biotypizací a molekulárně – biologickými metodami. Studované kmeny byly nejprve podrobeny biochemické identifikaci pomocí komerční soupravy STAPHYtest 24 a dodatkových testů k detekci tvorby katalázy, cytochromoxidázy, pyrrolidonylarylamidázy a acetoinu, a poté byly typizovány pomocí metod rep – PCR a ribotypizace. Výsledky biochemické identifikace a genotypizace se shodovaly u 11 analyzovaných kmenů. Pomocí rep – PCR a ribotypizace se zdařilo určit 8 biochemicky intermediárních kmen a 1 neidentifikovaný kmen. Těmito metodami byla také odhalena chybná biochemická identifikace jednoho kmene. Pomocí genotypových metod se nezdařilo identifikovat 10 kmenů. Použití soupravy STAPHYtest 24 a dodatkových testů se neukázalo jako účinná a spolehlivá metoda pro biochemickou identifikaci fenotypově obtížně odlišitelných kmenů koaguláza negativních stafylokoků. Srovnáním tří použitých metod poskytla nejvyšší přínos pro identifikaci studovaných kmenů metoda rep – PCR s primerem (GTG)5, která se ukázala jako nejvhodnější pro identifikaci koaguláza negativních zástupců rodu Staphylococcus.

Abstract:

Coagulase-negative staphylococci are one of the important inhabitants of human and animal skin and mucous membranes. However, these microorganisms may also be agents of severe infections, especially hospital acquired infection. These nosocomial strains feature factors of virulence (the ability to produce biofilm, antimicrobial resistance, etc.) more often than strains, which normally colonize skin. For clinical and epidemiological reasons, accurate species identification and typing are urgent. The goal of this thesis was to identify 31 phenotypically hardly distinguishable isolates of coagulase-negative staphylococci from human clinical material using phenotypic and genotypic methods and then to compare results gained by biotyping and methods of molecular biology. The studied strains were firstly biochemically identified by using the commercial test set STAPHYtest 24 and additional tests detecting the production of catalase, oxidase, pyrrolidonyl arylamidase and acetoin after which they were identified by using rep - PCR and ribotyping. The results of the biochemical identification and genotyping concurred in 11 analyzed strains. Thanks to the rep – PCR and ribotyping, it was possible to identify 8 biochemically intermediary strains and one unidentified strain. By using these methods, it was possible to discover the incorrect identification of one strain. The genotypic methods failed to identify 10 strains. The use of the commercial test set STAPHYtest 24 and the additional tests turned out to be an ineffective and unreliable method for biochemical identifying phenotypically hardly distinguishable strains of coagulase-negative staphylococci. By comparing the three used methods, it was possible to come to a conclusion, that the biggest contribution for identifying analyzed strains of coagulase negative staphylococci, was the rep-PCR method with a (GTG)5 primer.

Keywords

Koaguláza negativní stafylokoky, klinické izoláty, biotypizace, rep – PCR, ribotypizace. Coagulase–negative staphylococci, clinical isolates, biotyping, ribotyping.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 20. 5. 2009

Thesis defence

• Date of defence: 11. 6. 2009
• Supervisor: Mgr. Dana Nováková, Ph.D.
• Reader: Ing. Sylva Koudelková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / General Biology