Role horizontálního přenosu genů v evoluci rodu Staphylococcus

Bc. Adéla Indráková

Diplomová práce

The role of horizontal gene transfer in the evolution of genus Staphylococcus

Anotace:

V evoluci bakteriálních druhů mají významnou úlohu výměny mobilních genetických elementů prostřednictvím horizontálního přenosu genů. Diplomová práce se zabývá mobilními genetickými elementy a jejich přenosem v rámci rodu Staphylococcus, především u koaguláza-negativních druhů Staphylococcus sciuri a Staphylococcus petrasii. Při řešení práce byla navržena metoda indukce profágů na 96-jamkové kultivační destičce, jejímž použitím byly objeveny nové bakteriofágy infikující jmenované druhy. Prostřednictvím qPCR byla ověřena schopnost těchto fágů sbalovat bakteriální geny do kapsid a byly zjišťovány vnitro- i mezidruhové transdukční schopnosti objevených fágů. Dále byly v práci charakterizovány sekvence dvou mobilních genetických elementů druhu S. sciuri – plazmidu z kmene P723 a stafylokokové chromozomové kazety mec (SCCmec) z kmene P879. Součástí práce je i fylogenetický strom sestrojený na základě sekvencí 81 stafylokokových chromozomových kazet (SCC).

Abstract:

Exchange of mobile genetic elements via horizontal gene transfer plays crucial role in the evolution of bacterial species. This thesis focuses on mobile genetic elements and their transfer among species of genus Staphylococcus with emphasis on coagulase-negative species Staphylococcus sciuri and Staphylococcus petrasii. In this work new screening approach for detection of phages on 96-well-plate was introduced, which led to the discovery of new phages infecting S. sciuri and S. petrasii. Packaging of bacterial genes into phage capsids was inspected using qPCR and inter- and intraspecies transduction abilities of the phages were examined. Moreover, sequences of two mobile genetic elements of S. sciuri, the plasmid from strain P723 and staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) from strain P879, were characterized in this work. In addition, the phylogenetic tree for 81 staphylococcal cassette chromosome (SCC) elements was constructed.

Keywords

bacteriophages, staphylococcal cassette chromosome, transduction, Staphylococcus sciuri, Staphylococcus petrasii, bakteriofágy, stafylokoková chromozomová kazeta, transdukce

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 6. 2016
• Vedoucí: Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika