Modelování prostorové distribuce patogenu Batrachochytrium dendrobatidis, původce chytridiomykózy u obojživelníků, v České republice

Martin Sedlák

Master's thesis

Modelling of the pathogen Batrachochytrium dendrobatidis distribution in the Czech Republic

Anotácia:

V současnosti je chytridiomykóza, společně s klimatickými změnami, největší hrozbou pro světovou populaci obojživelníků. Toto celosvětově rozšířené onemocnění houbového původu je způsobeno patogenem Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) a v nedávné době objeveným druhem Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal). Od roku 2008 probíhá v České republice (ČR) monitoring patogenu Bd, jehož výsledkem je více než 1000 vzorků v podobě stěrů, které byly získány na 51 lokalitách. Cílem této práce bylo vytvoření modelu rozšíření patogenu Bd na území ČR. Tvorba modelu byla založena na datech z monitoringu výskytu patogenu a přírodních charakteristikách území ČR. Jako nejvhodnější statistická metoda pro tvorbu modelu byla zvolena logistická regrese. Během analýzy dat nebyla pozorována žádná statisticky významná závislost výskytu patogenu na environmentálních proměnných. Absence závislosti mohla být způsobena zvolenými environmentálními proměnnými, které měly nízkou škálu hodnot nebo přílišnou podobností vzorkovaných lokalit. Dalším důvodem může být klima a reliéf ČR, jež nedosahují takové variability, která by mohla výrazně ovlivnit výskyt patogenu.

Abstract:

Chytridiomycosis in connection with climate change is the most dangerous threat for world population of amphibians. This worldspread disease is caused by a fungus pathogen Batrachochytrium dendrobatidis and by the newly discovered genus Batrachochytrium salamandrivorans. The occurrence of Batrachochytrium dendrobatidis in the Czech Republic has been monitored since 2008. As a result of the monitoring, we have more than thousand swab samples at 51 localities. In this work, I tried to make a distribution model of pathogen occurrence for the area of the Czech Republic. Model was built on the pathogen presence-absence data, eleven environmental variables. Logistic regression was used as a method for model building. During the data analysis was not detected any statistically proofed relationship between pathogen occurrence and environmental variables. This could be caused by chosen environmental variables with low scale or by sampling too similar localities. Another reason could be the low variability of climate and relief in Czech Republic that give the same condition to pathogen survival.

Kľúčové slová

logistická regrese, nemoci obojživelníků, obojživelníci, Amphibia, GIS, SDM

Keywords

Amphibia, Logistic Regression, Diseases of Amphibians, Amphibians, GIS, SDM

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 12. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Ing. Jiří Vojar, Ph.D.
• Oponent: Michal Kratochvíl, RNDr.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Environmental Sciences

Master programme / odbor:
Engineering Ecology / Nature Conservation