Program pro analýzu rodin sekvencí schopných tvořit kvadruplexy – Bc. Marek Vavruša
Bc. Marek Vavruša
Master's thesis
Program pro analýzu rodin sekvencí schopných tvořit kvadruplexy
Computational analysis of sequence families in DNA quadruplexes.
Abstract:
V práci je představen automatizovaný přístup pro klasifikaci G-kvadruplexů do rodin podle jejich topologie, a zároveň nová metoda pro heuristickou predikci topologie G-kvadruplexu z nukleotidové sekvence. Obě metody jsou implementovány v rámci nové sady nástrojů, a porovnány se stávajícími přístupy.Abstract:
The thesis presents an automated approach on the G-quadruplex structure classification with respect to the structure topology, and a novel method for heuristic prediction of a G-quadruplex topology from the nucleotide sequence. As a result, tools for both classification and prediction are developed and evaluated.
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 5. 2014
Identifier:
https://is.muni.cz/th/wrx9l/
Thesis defence
- Date of defence: 23. 6. 2014
- Supervisor: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
- Reader: Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasaryk University
Faculty of InformaticsMaster programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics
Theses on a related topic
-
Analysis and classification of long terminal repeat (LTR) sequences using machine learning approaches
Jakub Horváth -
Úloha proteinu IFI16 v rozpoznávání DNA a buněčných procesech
Natália Bohálová -
Rozpoznávání strukturních motivů a virové DNA proteinem IFI16
Natália Bohálová -
Struktura a stabilita kvadruhelikální G-DNA: vliv sekvence a podmínek prostředí
Kateřina Peterková -
Base-modified DNA quadruplexes: Structure and Noncovalent Interactions
Jan Novotný -
Studium strukturní dynamiky a foldingu kvadruplexové DNA počítačovými metodami
Petr Stadlbauer