Identifikace genotypů fytoplazmy 'Candidatus Phytoplasma mali', původce onemocnění proliferace jabloně za použití genu imp.

Josef Podlipný

Bachelor's thesis

Identification of 'Candidatus Phytoplasma mali' phytoplasma genotypes, the causal agent of apple proliferation using imp gene.

Abstract:

Bakalářská práce se zabývá genetickou variabilitou fytoplazmy 'Candidatus Phytoplasma mali' za použití genu Imp kódujícího imunodominantní membránový protein. Práce zahrnuje krátké úvodní shrnutí problematiky detekce a výzkumu fytoplazem v rostlinách se zaměřením na ovocné dřeviny a zejména pak hospodářsky velmi významné jabloně (Malus Mill.). Nejdůležitějším bodem praktické části bakalářské práce je popsání jednotlivých genotypů fytoplazmy proliferace jabloně na základě genu Imp v testovaných rostlinách. Gen byl amplifikován z již izolované DNA, která byla dodána Výzkumným a šlechtitelským ústavem ovocnářským Holovousy s.r.o a z osmi odebraných vzorků. Při práci bylo zjištěno, že variabilita genu Imp fytoplazmy proliferace jabloně se pohybuje v rozmezí od 89,7 % do 99,7 %. Pomocí tohoto genu bylo získáno celkem 5 různých genotypů fytoplazmy proliferace jabloně, z nichž jeden byl v rámci Evropy již vyhodnocen jako silně virulentní. Na základě symptomů nelze určit konkrétní typ fytoplazmy proliferace jabloně, nelze určit ani zda je strom vůbec napadený. Výsledky jsou součástí širšího výzkumu, probíhajícího ve Výzkumném a šlechtitelském ústavu ovocnářském Holovousy s.r.o.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the genetic variability of phytoplasma 'Candidatus Phytoplasma mali' using an Imp gene encoding an imunodominant membrane protein. The work includes a brief introductory summary of phytoplasma detection and research in plants focusing on fruit trees and mainly on apple trees (Malus Mill.). The most important point of the practical part of the bachelor thesis is the description of the individual genotypes of the phytoplasma of apple proliferation based on the Imp gene in the tested plants. The Imp gene was amplified from already isolated DNA, which was supplied by the research facility called Research and Breeding Institute of Pomology Holovousy Ltd. and from another eight samples. It has been found that the variability of the Imp gene from 'Candidatus Phytoplasma mali' ranges from 89.7% to 99.7%. Using sequence of this gene, a total of 5 different genotypes of 'Candidatus Phytoplasma mali' were obtained, one of which was already diagnosed as highly virulent in Europe. Based on the symptoms, there is no possibility to determine the specific type of 'Candidatus Phytoplasma mali', nor is it possible to determine whether the tree is attacked at all. The results are part of a broader research conducted at the Research and Breeding Institute of Pomology Holovousy Ltd.

Keywords

fytoplazma, Imp, 'Candidatus Phytoplasma mali', real-time PCR

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 21. 5. 2019

Thesis defence

• Date of defence: 19. 6. 2019
• Supervisor: RNDr. Markéta Bohunická, Ph.D.
• Reader: Jana Fránová

University of Hradec Králové

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biologie / Systematická biologie a ekologie