Čtyřřetězcové struktury DNA jako regulátory transkripce

Bc. Tereza Pavlicová

Master's thesis

Tetra-stranded DNA structures as a transcription regulators

Anotácia:

Guaninové kvadruplexy a cytosinové i-motivy se řadí mezi čtyřřetězcové struktury nukleových kyselin. Tyto struktury se vyznačují širokou škálou potenciálního využití. Jelikož se v lidském genomu vyskytuje mnoho sekvencí bohatých na guanin, je pravděpodobné, že se mohou tvořit i zde a případně ovlivňovat genovou expresi. Cílem této práce je ověření funkce alternativního postupu při detekci genové exprese, pro kterou jsou běžně využívány reportérské systémy. Výsledky těchto systémů se mohou jevit jako zavádějící nejspíše z hlediska velkého množství kopií, které je nutné pro detekci. V této práci je využita alternativní detekce na úrovni mRNA pomocí kvantitativní PCR (qPCR) souběžně s luciferázovou esejí. Dále je v této práci ověřen vliv na genovou expresi v důsledku přítomnosti guaninových kvadruplexů a cytosinových i-motivů v promotoru genu oct4.

Abstract:

Guanine quadruplexes with cytosine i-motifs are the form of tetrastranded nucleic acid secondary structures. These structures are known for a broad range of potential usage. Because many sequences rich in guanine can be found in the human genome, it is probably possible to form these structures there and subsequently affect gene expression. This thesis aims to validate the alternative procedure for the detection of gene expression, for what the reporter systems are commonly used. These systems can appear as misguided most likely because of the huge number of copies, which are needed for detection. In this thesis, alternative detection at the level of mRNA using quantitative PCR (qPCR) and luciferase assay are used simultaneously. Further, the influence on gene expression due to the presence of guanine quadruplexes and cytosine i-motifs in promotor of the oct4 gene is verified in this thesis.

Kľúčové slová

čtyřřetězcové struktury DNA, G-kvadruplexy, buněčná linie P19, buněčná linie L929, DNA transkripce, transkripční faktory, kvantitativní PCR, luciferázová esej

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 1. 6. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 6. 2021
• Vedúci: Mgr. Daniel Renčiuk, Ph.D.
• Oponent: Ing. Martin Kučírek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Analytical biochemistry