Kompletace celogenomové sekvence T. pallidum subsp. pallidum kmene Mexico A, anotace genomu a srovnání s dalšími příbuznými genomy

Bc. Helena Pětrošová, Ph.D.

Diplomová práce

Finishing of the whole genome sequence of T. pallidum ssp. pallidum strain Mexico A, genome annotation and comparison with other related genomes

Anotace:

Treponema pallidum ssp. pallidum je původcem venerického onemocnění syfilis a díky své schopnosti unikat imunitnímu systému hostitele bývá označována jako „utajený patogen“. Mechanismy patogeneze a faktory virulence této bakterie nebyly doposud s jistotou identifikovány. Průlomem ve výzkumu bylo sestavení první celogenomové sekvence kmene Nichols v roce 1998. Další dvě publikované sekvence (kmenů SS14 a Chicago) otevřely cestu komparativním genomovým studiím. V rámci této diplomové práce byla sestavena celogenomová sekvence kmene Mexico A. K sekvenaci byla použita metoda Illumina (Solexa), která se řadí k sekvenačním metodám nové generace. Genom kmene Mexico A má velikost 1 140 041 bp, bylo predikováno 1034 ORF. Celogenomová sekvence byla porovnána s genomy kmenů Nichols, SS14 a Chicago.

Abstract:

Treponema pallidum ssp. pallidum is the causative agent of syphilis and is known as stealth pathogen for its ability to avoid immune response. After many years of study, mechanism of pathogenesis and virulence factors remain unknown. A real breakthrough in research of this enigmatic bacterium was whole genome sequence of strain Nichols published in 1998. Another two sequences of the strain SS14 and the strain Chicago enable comparative genomic analyses. This work determinates the whole genome sequence of the strain Mexico A which was sequenced by Illumina (Solexa), a new generation sequencing method. The length of Mexico A genome was determined to 1 140 041 bp with 1043 predicted ORFs. The Mexico A genome sequence was also compared with the Nichols, SS14 and Chicago genomes.

Klíčová slova

Treponema pallidum, Mexico A, syfilis, celogenomové sekvenování, Illumina (Solexa), syphilis, whole genome sequencing

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2011
• Vedoucí: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární biologie a genetika