Funkční charakterizace nukleotidyl transferázové domény

Mgr. Ivana Horváthová

Bachelor's thesis

Functional characterization of a nucleotidyl transferase domain

Abstract:

Funkce terminálních uridylyl transferas jsou spojovány především s následnou degradací RNA molekul. Lidský enzym TUT4 s neobvyklým sestavením domén katalyzuje uridylaci pre-let-7 miRNA závisle na proteinu LIN28 nejenom v kmenových embryonálních buňkách. Takto uridylovaná RNA podléhá degradaci neobjasněným způsobem. Dále je TUT4 zahrnut v regulaci cytokinové exprese. Cílem této bakalářské práce nazvané Funkční charakterizace nukleotidyl transferasové domény bylo určit minimální aktivní formu proteinu TUT4 a rozšířit tak poznatky o funkci přítomných domén. Vygenerovány byly dvě zkrácené formy této transferasy, a ty byly podrobeny zkouškám aktivity in vitro. Test uridylace byl proveden na dvou odlišných typech RNA substrátu. Výsledky potvrdily původní předpoklad: druhá nukleotidyl transferasová doména proteinu TUT4 může fungovat samostatně jako terminální uridyly transferasa. Tato práce tak vytvořila výchozí bod pro následné studie, které budou součástí mé případné diplomové práce.

Abstract:

Functions of terminal uridylyl transferases are linked mainly with a subsequent degradation of RNA molecules. Human TUT4 is an enzyme with unusual built of domains. It is recruited by the protein LIN28 and uridylates pre-let-7 miRNA not only in embryonic stem cells. Uridylated RNA undergoes decay in unknown manner. The other role of TUT4 is implicated in regulation of cytokine expression. The aim of this bachelor thesis named Functional characterization of nucleotidyl transferase domain was to determine the minimal construct of the protein TUT4 and spread knowledge about the present domains. We have generated two truncated forms of this transferase and carryed out an examination of the activity in vitro. Testing of uridylation activity was examined on two distinguished types of RNA substrate. The results have confirmed the expection that the second nucleotidyl transferase domain can function as a terminal uridylyl transferase itself. Therefore this work is a initial point for further studies which are going to be involved in my potential diploma thesis.

Keywords

terminální uridylyl transferasy, TUT4, let-7 miRNA, degradace RNA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 14. 6. 2010
• Supervisor: doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry