Bioinformatické studium glykosyltransferas z patogenu Mycobacterium tuberculosis

Mgr. Bc. Lucie Čtveráčková

Bachelor's thesis

Bioinformatical studies of glycosytransferases from Mycobacterium tuberculosis

Abstract:

Struktura proteinu Rv3782 byla predikována programy, které k modelování používají strukturní homologii, Phyre a SWISS-MODEL. Program Phyre pro svůj nejpravděpodobnější model jako matrici vybral B řetězec proteinu pravděpodobné glykosyltranferasy z Bacteroides fragilis BF2801 (PDB ID 3BCV). Program SWISS-MODEL vytvořil model podle řetězce A proteinu polypeptid-α-N-acetylgalaktosaminyltransferasy T2 (PDB ID 2FFU). Modely jsou si podobné a v obou modelech byl objeven strukturní motiv podobný Rossmannově doméně i kyselý motiv na smyčce, tedy motivy odpovídající rodině GT-2, do které je galaktosyltransferasa Rv3782 zařazena. Identifikace vazebného místa byla provedena programem UCFS DOCK, který na proteinu nalezl pouze jedno vazebné místo za použití flexibilního dokování. UDP-Gal se váže větší rigidní částí, což je UDP, a galaktosa je zde flexibilní částí. Nalezené vazebné místo však neodpovídá předpokládanému navázání UDP-Gal na DXD motiv. V budoucnu bych se proto chtěla pokusit nadokovat na model Rv3782 ligand UDP-Gal i s kationtem v místě DXD motivu.

Abstract:

A structure of the protein Rv3782 was predicted by programes, which use a structural homology to make models, Phyre and SWISS-MODEL. The program Phyre chose for its most likely model the chain B of a the protein putative glycosyltranferase from Bacteroides fragilis (PDB ID 3BCV) as a template. The program SWISS-MODEL made its model by using the chain A from the protein polypeptid-α-N-acetyl galactosaminyltransferase T2 (PDB ID 2FFU). These models are similar and in both of them the structural motif similar to the Rossmann fold was present as well as acid DXD motif. These motives are typical for a family GT-2 which is the family the glycosyltransferase Rv3782 belongs to. The identification of a the binding site were executed by a program UCSF DOCK. This program found the only binding site by using a flexible docking. UDP-Gal was bound in its rigid part which is UDP and galactose was a flexible part of the molecule. However the dedicated binding site unmatch our assumption, that the ligand would be bound at the site with DXD motif.

Keywords

glykosyltransferasy, glycosyltransferases, Mycobacterium tuberculosis, Rv3782, predikce struktury, structure prediction, galaktosyltransferasa, galactosyltrasferase, mycobacterium cell wall, mykobakteriální buněčná stěna

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 20. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 15. 6. 2010
• Supervisor: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
• Reader: Mgr. Josef Houser, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry