Analýza mitochondriální DNA z historického kosterního materiálu metodami sekvenace nové generace

Bc. Ondřej Vaculík

Bachelor's thesis

Analysis of mitochondrial DNA from the historical skeletal material using new generation sequencing methods

Anotácia:

Již samotné zavedení metod sekvenování nové generace způsobilo ve výzkumu starobylé DNA revoluci. Během posledních deseti let bylo vyvinuto a zdokonaleno mnoho metod, jejichž zásluhou se podařilo získat nejen mitochondriální, ale i jaderné sekvence ze vzorků, u nichž by to dříve nebylo možné. Tato práce je zaměřena na shrnutí problematiky okolo analýzy molekul starobylé DNA pomocí sekvenování nové generace, především pak mitochondriální DNA. Jsou v ní popsány nejdůležitější metody využívané při zpracování starobylých vzorků před a během sekvenování včetně finální bioinformatické analýzy. Práce obsahuje i přehled oblastí využívajících metody sekvenování nové generace k zisku mitochondriálních sekvencí.

Abstract:

The very introduction of new generation sequencing methods caused revolution in ancient DNA research. Many methods have been developed and improved during the last ten years, thanks to them it has been possible to obtain not only mitochondrial, but also nuclear sequences from specimens, in which it had not been possible before. This bachelor’s thesis is focused on summarizing issue of ancient DNA molecules analysis by new generation sequencing, especially the mitochondrial DNA. There are described the most important methods that are used in processing of ancient samples before and during sequencing including final bioinformatical analysis. This thesis also contains an overview of the areas using new generation sequencing methods to gain the mitochondrial sequences.

Kľúčové slová

aDNA, mtDNA, mitogenom, sekvenování nové generace, NGS, bioinformatická analýza, mitogenome, new generation sequencing, bioinformatical analysis

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 6. 2017
• Vedúci: Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Special Biology