Detekce fytoplazem pomocí PCR amplifikace vybraných fragmentů fytoplazmového genomu

Jaroslava MARKOVÁ

Bakalářská práce

Detection of phytoplasmas using PCR amplification of selected fragments from the phytoplasma genome

Anotace:

Fytoplazmy jsou bakteriálními patogeny rostlin. Mohou způsobit zničující ztráty výnosu u různých plodin. Pro rychlé odhalení fytoplazmových nákaz je potřeba nalézt spolehlivou detekční techniku. Nejsnazší a nejlevnější technikou je PCR (polymerase chain reaction ? polymerázová řetězová reakce), která slouží k selektivní amplifikaci vybraných oblastí molekuly DNA. Cílem této práce bylo nalezení optimálních primerů k amplifikaci vybraných fragmentů fytoplazmového genomu v jednokrokové PCR a využití této techniky k detekci fytoplazem. Pro tuto studii bylo použito 37 vzorků fytoplazem ze sbírky od prof. Bertaccini. Pomocí optimalizovaných primerů bylo testováno 16 přírodních vzorků. Fytoplazmu se podařilo detekovat v kořenu jahodníku. Výzkum byl umožněn díky podpoře z grantu Grantové agentury ČR, číslo GP 522/09/P545.

Abstract:

Phytoplasmas are bacterial pathogens of plants. They can cause devastating losses of yield of diverse crops. It is necessary to find reliable detection technique for detection of phytoplasmas disease. The easiest and the cheapest technique is just PCR (polymerase chain reaction) which is used to selective amplification of selected parts of the molecule DNA. The aim of this bachelor thesis is to find of optimal primers to amplification of selected fragments of phytoplasmas genome in one-step PCR and use this technique in detection of phytoplasmas. A collection of phytoplasmas from professor Bertaccini with 37 samples was used for this study. It was tested 16 natural samples by optimized primers. Phytoplasma was detected in strawberry root. Research was supported by the Czech Science Foundation, Grant No. GP 522/09/P545.

Klíčová slova

fytoplazma, polymerázová řetězová reakce, primer, optimální podmínky, citlivost detekce, specificita detekce

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 4. 2011

Identifikátor: 19767

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2011
• Vedoucí: Mgr. Ondřej Lenz, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Zemědělská fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Zemědělství / Zemědělské biotechnologie