Nové přístupy studia interakcí proteinů s nukleovými kyselinami na nabitých površích.

Bc. Lenka Zámečníková

Diplomová práce

New approaches to studying the interactions of proteins with nucleic acids on charged surfaces.

Anotace:

Interakce proteinů s nukleovými kyselinami jsou v současné době intenzivně studovány pro svou klíčovou úlohu v mnoha biologických dějích. Vedle stávajících přístupů pro jejich analýzu získávají své místo i elektrochemické metody, které by mohly představovat vhodnou techniku pro studium méně stabilních protein-DNA komplexů. V této diplomové práci se věnujeme studiu sekvenčně nespecifických interakcí proteinu IFI16 s DNA pomocí chronopotenciometrie konstantním proudem. Byly studovány komplexy proteinu s různě dlouhými úseky dvouřetězcové DNA, jako i s plazmidovou DNA obsahující sekvence tvořící křížové struktury. Získané výsledky ukazují, že s využitím chronopotenciometrie konstantním proudem je možné pozorovat tvorbu komplexu IFI16 s dsDNA a také jeho stabilitu v závislosti na přítomnosti křížové struktury v plazmidové DNA. Ukázalo se, že pro studium interakcí proteinu s různě dlouhými úseky dsDNA je nutné metodu dále rozvíjet.

Abstract:

Protein interactions with nucleic acids are currently intensively studied for their key role in many biological processes. Besides existing approaches of their analysis electrochemical methods are also gaining their place since they could represent suitable technique for studying less stable protein-DNA complexes. In this thesis we study sequence-nonspecific interactions of IFI16 protein with DNA using constant current chronopotentiometric stripping analysis. Protein complexes with double-stranded DNA of different lengths and plasmid DNA containing sequences forming cruciform structures were studied. Our results demonstrate that using constant current chronopotentiometry it is possible to study IFI16-dsDNA complex formation and its stability depending on the presence of the cruciform structure in plasmid DNA. It was shown that further development of the method is necessary to study the interactions of the protein with dsDNA sequences of different lengths.

Klíčová slova

chronopotenciometrie konstantním proudem, protein IFI16, protein-DNA interakce, sekvenčně nespecifická vazba DNA, elektrochemická analýza, rtuťová elektroda, constant current chronopotentiometry, IFI16 protein, protein-DNA interactions, sequence-nonspecific DNA binding, electrochemical analysis, mercury electrode

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 31. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2021
• Vedoucí: RNDr. Veronika Ostatná, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Luděk Havran, Dr.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Bioanalytik / Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví - Bioanalytik